微波消化系統建立在通過微波介電加熱效應的基礎上來有效加熱物質的，介電加熱時通過兩種主要機理來加熱的。
偶極極化：能夠在微波輻射下產生熱的物質必須具有偶極矩，當施加電場發生震蕩時，偶極場在交流電場中進行重排。在這一過程中，由于分子間的摩擦和介電損失，能量以熱的形式被消耗。
離子傳導：在離子傳導過程中，樣品中溶解的帶電粒子在微波場的影響下前后震蕩，與其鄰近的分子或原子碰撞，碰撞引起攪動或運動，便形成了熱。在介電加熱中，電磁能首先轉化為動能，然后轉化為熱能。
微波消化系統是如何工作的，可以先從物質與微波的作用方式開始。物質與微波的作用方式可以分為三類：導體反射微波，絕緣體透過微波，電介體吸收微波。微波消化系統的消解罐材質都是絕緣體方便微波透過，然后其中的酸試劑（電介體）可以吸收微波并被加熱。微波消化系統中的微波由腔體中的磁控管產生。
1、微波消化系統，消解樣品的量不要太少，不要低于三分之一的消解罐容積。
2、微波消化系統的冷卻系統必須要能正常工作。
3、注意溫度和壓力的設定不要超過儀器的限度。
4、微波消化系統消解完成后不要馬上取出樣品，待其自然冷卻或降溫冷卻后再打開消解罐。
5、不熟悉的樣品稱樣量消解時應嚴格的限制在：0.5克以內。
6、稱樣量應盡量保持一致。
7、在同一批反應中，不可同時混用不同型號的反應罐或者將不同性質的樣品混合消解。
8、加樣時不要使樣品沾在容器壁上，如果沾附，請用溶劑或去離子水沖洗入溶液內。
9、同一批反應中不可同時使用不同的試劑體系（同一批反應必須使用相同的酸或溶劑）。
10、確保每個罐子有壓力彈片，并擰緊各罐的蓋子。
11、保證每個內襯罐都已安裝好外殼保護套，同時保證保護套為干燥狀態。
12、消解罐必須要密封好，腔門要關好。
擺放消解罐：
1、每次實驗罐子數量6個以上。
2、使用6-16個罐子時首先排放在內環，盡可能均勻擺放。
3、使用17-24個罐子時，可均勻的擺放在外環。
4、使用25-32個罐子時，可將一半罐子均勻的擺放在內環，另一半均勻的擺放在外環。
5、使用33-40個罐子時，首先填滿內環，其余的均勻的擺放在外環。
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