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正確的使用光學顯微鏡有下面這幾個注意點需要注意
使用光學顯微鏡前，首先要把光學顯微鏡的目鏡和物鏡安裝上去。目鏡的安裝較為簡單，主要的問題在于物鏡的安裝，由于物鏡鏡頭較貴重，萬一安裝時螺紋沒合好，易摔到地上，造成鏡頭損壞，所以為了保險起見，強調在安裝物鏡時要用左手食指和中指托住物鏡，然后用右手將物鏡裝上去，這樣即使沒安裝好，也不會摔到地上。
對光是使用光學顯微鏡時很重要的一步，有些在對光時，隨便轉一個物鏡對著通光孔，而不是按要求一定用低倍鏡對光。轉動反光鏡時喜歡用一只手，往往將反光鏡扳了下來。所以一定要用低倍鏡對光，當光線較強時用小光圈、平面鏡，而光線較弱時則用大光圈、凹面鏡，反光鏡要用雙手轉動，當看到均勻光亮的圓形視野為止。光對好后不要再隨便移動醫用光學顯微鏡，以免光線不能準確地通過反光鏡進入通光孔。
使用準焦螺旋調節焦距，找到物象可以說是光學顯微鏡使用中重要的一步。在操作過程中極易出現以下錯誤：一是在高倍鏡下直接調焦；二是不管鏡筒上升或下降，眼睛始終在往目鏡中看視野；三是不了解物距的臨界值，物距調到2~3厘米時還在往上調，而且轉動準焦螺旋的速度很快。前兩種錯誤結果往往造成物鏡鏡頭抵觸到裝片，損傷裝片或鏡頭，而第三種錯誤則是醫用光學顯微鏡時常見的一種現象。針對以上錯誤，調節焦距一定要在低倍鏡下調，先轉動粗準焦螺旋，使鏡筒慢慢下降，物鏡靠近載玻片，但注意不要讓物鏡碰到載玻片，在這個過程中眼睛要從側面看物鏡，然后用左眼朝目鏡內注視，并慢慢反向調節粗準焦螺旋，使鏡筒徐徐上升，直當看到物像為止，光學顯微鏡的物距在1厘米左右，所以如果物距已遠超過1厘米，但仍未看到物像，那可能是標本未在視野內或轉動粗準焦螺旋速度過快，此時應調整裝片位置，然后再重復上述步驟，當視野中出現模糊的物像時，就要換用細準焦螺旋調節，只有這樣，才能縮小尋找范圍，提高找到物像的速度。
使用低倍鏡后換用高倍鏡，用手指直接推轉物鏡，容易使物鏡的光軸發生偏斜，原因是轉換器的材料質地較軟，精度較高，螺紋受力不均勻很容易松脫。一旦螺紋破壞，整個轉換器就會報廢。應手握轉換器的下層轉動板轉換物鏡。
用光學顯微鏡觀察物體時，應雙眼同時睜開，左眼往目鏡內注視。用手捂住右眼或干脆閉上右眼，這是不符合實驗的觀察要求的，這種不良習慣會造成左眼疲勞，同時也不能做到邊觀察邊畫圖。左眼要盡量貼近目鏡，右眼試圖向視野內注視，如此反復訓練，就會達到雙目同時睜開觀察的要求。或者也可以通過做以下練習：睜開雙眼，用一張紙或手掌豎立在兩眼之間，鼻子跟前，使左右眼不能互看對側一邊，然后有意識地先看左邊，再看右邊，如此3~5次，每天早晚各做一遍，不到一星期便可學會。
光學顯微鏡的使用或操作錯誤，是生物實驗中普遍存在的現象，我們只要認真地對待，有意識地去糾正它，克服它，熟練而正確地使用光學顯微鏡是可以做的。