一、排氣不凈。

在升壓前應將鍋內冷空氣排凈，因空氣是熱不良導體，若不排凈，冷空氣就會聚集井滯留在滅菌鍋中消毒筒的中下部，圍繞在待滅菌物的周圍。在這種情況下，假若鍋內僅排出一半空氣，當壓力表指針達到105Pa時，鍋內實際溫度僅能達到 112℃，比要求的 121℃低9℃之多，將導致滅菌不好，可能造成大面積染菌。（自動的高壓滅菌鍋 上下排氣閥 都要打開 然后加熱 排空氣）

二、排氣軟管沒有按要求插入滅菌筒的下部，或排氣軟管斷裂、缺失。

滅菌鍋內的冷空氣是通過排氣軟管排出的，上述情況將造成滅菌筒外的蒸汽直接經排氣閥排出鍋外，滅菌鍋內的空氣排放受阻。

三、消毒筒內物品堆積太緊、太滿。

阻礙蒸汽的流通和熱交換，使容器內升溫減慢，造成物體內部殺菌不好。

四、升溫過快。

滅菌的時間是以達到要求溫度后的持續時間計算的，但溫度的升降過程同樣起到殺菌的作用，升降溫度過快會通過影響總的積溫而影響滅菌效果。另外，升溫過快，特別是使用外源蒸汽的情況下，會造成被滅菌物體內部升溫滯后于壓力表指示溫度。

五、滅菌的物體體積（容量）過大。

組織培養中或常規微生物實驗中，高溫蒸汽滅菌通常要在 121℃（即蒸汽壓力為1kg／cm2或 15磅／寸2，或0.105MPa）下保溫15min。這一規定僅適用于試管、三角瓶中小于200ml容量的。若體積太大，特別是固體培養基，會造成滅菌，應適當延長滅菌時間。

六、任意延長滅菌時間。

規定的滅菌溫度和時間是經過科學試驗確定的，只要按照正確的滅菌程序是能達到滅菌目的的。但在實踐中常有人為了“保證滅菌"而任意延長滅菌時間。這樣忽視了殺菌過程中溫度對培養基成分的破壞作用，是得不償失的。

七、溫度不穩定。

滅菌過程中溫度（壓力）忽高忽低，特別是手提式電能滅菌鍋，它沒有控溫裝置，難于控溫。操作者可配置調壓變壓器，通過調節電壓控溫。此外，還常遇到滅菌鍋內加水太少（應加 2～3L）；容器內裝的溶液量過多（應少于2／3）；安全閥失靈等問題。