使用人員在一定程度上要達到預設轉速后，這樣才能離開大容量低速冷凍離心機，在進行操作時要是沒有任何的異狀，要立刻停機。通常聽聲音即可得知離心狀況是否正常，也可注意設備的震動情形。使用硫酸銨等高鹽溶液樣本后，一定要把離心陀洗干凈，也要清理轉艙。因轉速高，也更加復雜，需要另外的專門訓練才可使用。
在運行的過程中是處于高速運轉的狀態，在一定程度上需要保持在水平狀態的工作，大容量低速冷凍離心機都是現場進行安裝的，安裝條件很難得到保證，很可能由于前期的安裝不當導致日后運行振動過大，甚至會使螺旋磨損嚴重。因此安裝放置時，需注意的是全機水平。對于機組的配套管道和附屬設備的安裝，也要加以重視。
記錄一些重要的原始數據，有利于設備運行時與之進行比對，來了解設備的磨損或老化情況。建議調試之初，都要記錄單機啟動的時間和開始運轉時的電流，當然其他對應的狀態也應有所記錄。運行時，也應對這些數據進行監控，如一旦出現與原始數據偏差較大的情況，需立即查明，必要時拆機檢查內部情況。
我們在使用大容量低速冷凍離心機時需要注意以下幾點，以便更好地工作：
1、離心管中溶液的量必須合適。不銹鋼管沒有蓋子，只能裝2/3。塑料管可以安裝在肩膀上。管蓋必須蓋緊，不允許漏水。空管在離心時會變形。塑料管中有機溶劑的使用必須滿足要求。
2、離心管必須成對放置，必須嚴格平衡，偏差小于0.1g。
3、不允許不回頭就亂跑。放取轉頭時必須用把手，防止轉頭打滑。轉動的頭部應放置溫和和堅定。松開手柄后，用手握住手柄，只轉動頭部。旋轉機頭蓋蓋緊，不允許無蓋離心。
4、離心時，不允許打開機器蓋，如有異常聲音和振動，應立即停機。
5、旋頭使用后，必須及時從旋頭腔中取出干燥，并用擦孔棒仔細擦拭管孔。如有溢流，必須清洗，擦拭轉頭室冷凝水，打開門，冷卻干燥轉頭室。
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