刮膜式分子蒸餾的方法蒸發效率高，但其結構復雜，真空密封困難，設備制造成本高。為了提高分離/效率，通常需要使用多級串聯連接來實現不同物質的多級分離。氣相和相之間可以形成相平衡；在分子蒸餾過程中，從蒸發表面逃逸的分子直接飛到冷凝表面，而不會與在中間的其他分子發生碰撞。
理論上，不可能返回蒸發表面。因此，分子蒸餾過程是不可逆的。單甘油酯分子從蒸餾液體表面蒸發并立即冷卻以實現分離。未反應的甘油和單甘油酯可以通過分子蒸餾連續分離。
在刮膜分子蒸餾器中設置由硬質碳或聚四氟乙烯制成的旋轉刮刀。刮刀不僅能充分攪拌下流液層，還能加速蒸發表面液層的更新，從而強化物料的傳熱傳質過程。該液膜具有厚度小且沿蒸發表面流動的優點；蒸餾物料在操作溫度下的停留時間短，熱分解風險小，蒸餾過程可以連續進行，生產能力大。
控制加熱溫度并調整蒸餾速率，通常為每秒1-2滴。在整個蒸餾過程中，溫度計的水銀球上應始終有冷凝液滴。此時的溫度是液體和蒸汽平衡時的溫度，溫度計的讀數是液體(餾出物)的沸點。
刮膜式分子蒸餾加熱的火焰不能太大，否則會導致蒸餾瓶頸部過熱，使一些液體蒸汽直接被火焰加熱，從而使溫度計讀數的沸點更高；另一方面，蒸餾不應進行得太慢，否則溫度計上的沸點讀數將很低或不標準，因為溫度計的水銀燈泡不能被蒸餾蒸汽*浸透。
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