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細菌過濾效率測試儀的原理主要分為兩種，以下是具體的解釋：
該原理通過將口罩試樣模擬實際使用狀態安裝到頭模樣架上，口罩隨頭模以一定的線速度掠過火焰高度恒定的點火器的上方，觀察口罩燃燒情況，記錄續燃和陰燃時間，以此評定口罩是否合格。這種方法主要測試口罩的阻燃性能，雖然與細菌過濾效率不直接相關，但在某些測試標準中可能作為輔助測試方法。
細菌過濾效率測試儀更常用的原理是氣溶膠法。其測試原理為：在被測樣品的上游發生一定濃度的細菌氣溶膠，這些細菌氣溶膠進入氣霧室混合均勻后，進入兩路平行的氣路采樣系統。其中一路在采樣器上端加上待檢測的樣品，另外一端不加樣品，作為陽性質控。通過計數陽性質控的值和樣品測試的值之間的比值作為泄漏率，從而得出過濾效率。簡單來說，就是測量被測樣品上游的細菌濃度與下游穿透樣品的細菌濃度之比，來確定醫用口罩材料的細菌過濾效率（BFE）。
在實際操作中，該測試儀通常由氣溶膠發生系統、氣霧室與氣溶膠傳輸裝置、負壓柜、采樣器等構成，整個測試儀由控制臺進行統一控制。測試時，內部氣溶膠發生器提供穩定且可調節的微生物氣溶膠流量，內置泵調節流量，使細菌氣溶膠以一定流速通過被測口罩材料。然后，通過測量穿透口罩材料的菌落形成單位數量，來評估口罩的細菌過濾效率。
綜上所述，細菌過濾效率測試儀的原理主要基于氣溶膠法，通過測量細菌氣溶膠在口罩材料前后的濃度變化來評估其過濾效率。這種方法具有高精度和可靠性，是醫用口罩等防護用品質量檢測的重要手段。
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