多肽合成儀的問世大大促進了多肽科學的發展。反過來，隨著多肽科學的發展，科學家也對合成儀提出了更高的要求，從而帶動了合成儀的發展。
目前多肽合成儀品種繁多，從合成量上分，可分為微克級的，毫克級的，克級的和公斤級的;從功能上分，可分為研究型的，小試型的，中試型的，普通生產型的和GMP生產型的;
從自動化程度上分，可分為全自動的，半自動的和手動的;從通道上分，可分為單通道的和多通道的;從技術角度上分，可分為第一代的，第二代的，和第三代的;等等。
多肽合成儀以固相合成為反應原理，在密閉的防爆玻璃反應器中使氨基酸按照已知順序(序列，一般從C端-羧基端 向 N端-氨基端)不斷添加、反應、合成，操作最終得到多肽載體。固相合成法，大大的減輕了每步產品提純的難度。
為了防止副反應的發生，參加反應的氨基酸的側鏈都是保護的。羧基端是游離的，并且在反應之前必須活化。固相合成方法有兩種，即Fmoc和tBoc。
由于Fmoc比tBoc存在很多優勢，現在大多采用Fmoc法合成，但對于某些短肽，tBoc因其產率高的優勢仍然被很多企業所采用。
具體合成由下列幾個循環組成：
1) 去保護：Fmoc保護的柱子和單體必須用一種堿性溶劑(piperidine)去 除氨基的保護基團。
2) 激活和交聯：下一個氨基酸的羧基被一種活化劑所活化。活化的單體與游離的氨基反應交聯，形成肽鍵。在此步驟使用大量的超濃度試劑驅使反應完成。循環：這兩步反應反復循環直到合成完成。
3) 洗脫和脫保護：多肽從柱上洗脫下來，其保護基團被一種脫保護劑(TFA) 洗脫和脫保護。
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