多肽合成又叫肽鏈合成，是一個固相合成順序一般從N端(氨基端)向 C端(羧基端)合成。
多肽合成的原理：
多肽合成就是如何把各種氨基酸單位按照天然物的氨基酸排列順序和連接方式連接起來。由于氨基酸在中性條件下是以分子內的兩性離子形式(H3+NCH(R)COO-)存在，因此，氨基酸之間直接縮合形成酰胺鍵的反應在一般條件下是難于進行的。
氨基酸酯的反應活性較高。在100℃下加熱或者室溫下長時間放置都能聚合生成肽酯，但反應并沒有定向性，兩種氨基酸a1和a2的酯在聚合時將生成a1a2…、a1a1…、a2a1…等各種任意順序的混合物。
為了得到具有特定順序的合成多肽，采用任意聚合的方法是行不通的，而只能采用逐步縮合的定向多肽合成方法。一般是如下式所示，即先將不需要反應的氨基或羧基用適當的基團暫時保護起來，然后再進行連接反應，以保證多肽合成的定向進行。
式中的X和Q分別為氨基和羧基的保護基，它不僅可以防止亂接副反應的發生，還具有能消除氨基酸的兩性離子形式，并使之易溶于有機溶劑的作用。
Q在有的情況下也可以不是共價連接的基團，而是由有機強堿(如三乙胺)同氨基酸的羧基氫離子組成的有機陽離子。Y為一強的吸電子基團，它能使羧基活化，而有利于另一氨基酸的自由氨基，對其活化羧基的羧基碳原子進行親核進攻生成酰胺鍵。
由此所得的連接產物是N端和C端都帶有保護基的保護肽，要脫去保護基后才能得到自由的肽。如果肽鏈不是到此為止，而是還需要從N端或C端延長肽鏈的話，則可以先選擇性地脫去X或Q，然后再同新的N保護氨基酸(或肽)或C保護的氨基酸(或肽)進行第二次連接，并依次不斷重復下去，直到所需要的肽鏈長度為止。
對于長肽的多肽合成來說，一般有逐步增長和片段縮合兩種伸長肽鏈的方式，前者是由起始的氨基酸(或肽)開始。每連接一次，接長一個氨基酸，后者則是用N保護肽同C保護肽縮合來得到兩者長度相加的新的長肽鏈。
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