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微生物的保存方法很多，根據不同的微生物菌（毒）株或不同的實驗要求，可選用不同的保存方法，其中常見的有斜面保存法，穿刺保存法、液體石蠟保藏法、沙土管保存法、冷凍保存法、真空冷凍干燥保存法。其中真空冷凍干燥保存法方便復活、保存期長，運輸和保存方便，活菌率高。

冷凍干燥是將菌體懸浮液冷凍到冰點以下，從而轉變為固體結晶態，然后在低溫低壓(真空)下使固體升華而脫水的干燥方法。一般干燥處理過程會破壞微生物的細胞膜，引起細胞的大量死亡，因此需要添加保護劑，能夠使菌液密度均一，減少活菌在凍干過程中的機械效應和溶質效應帶來的死亡。因此，在凍干前加入的保護劑配方就成為了至關重要的決定性因素，它既會影響到儲存期細胞的活性以及穩定性，也會影響到復水時細胞存活率。

     凍干法是長期保存細菌、酵母、真菌、病毒和立克次氏體的標準方法（在凍干前一般要加冷凍保護劑，這樣可使細胞免除在冷凍初期因形成冰晶而造成的損害。ATCC 常規用10％脫脂奶或12％蔗糖作為冷凍保護劑，而美國農業部（USDA）的農業研究服務機構的實驗人員用牛或馬血清作為微生物的冷凍保護劑（。在菌液中加入甘油和二甲亞砜（DMSO）也可防止冷凍中微生物的死亡，但實際操作中應根據不同微生物決定應用或不用保護劑。
    真空冷凍干燥法保存菌種的步驟主要包括：

1、微生物培養，培養獲得健壯的菌種擴培液體。培養時根據菌種選擇不同的培養基。培養到對數期獲得大量健壯的菌種，保證菌體濃度，一般達到10⁹的濃度.

2、離心收集菌體。通過離心法從液體培養基中獲得菌體。如果是固體培養基可以直接收集菌落，用保護劑溶解混勻。

3、將菌體、脫脂奶粉、海藻糖、蔗糖等保護劑在無菌水中混勻得到含有保護劑的菌體混懸液。

4、分裝。將菌體混懸液在無菌環境中分裝到無菌容器中，可以是安瓿瓶、西林瓶、EP、培養皿等。

5、預凍，預凍是非常關鍵的。預凍不好，菌體會死亡。要快速預凍，防止產生大冰晶造成細胞死亡。預凍要凍結實，保證預凍充分。

6、將預凍好的菌體，放入真空冷凍干燥設備中進行凍干。如果是設備帶預凍功能，也可以直接在凍干機上進行預凍。真空冷凍干燥時間和凍干曲線的 設計要根據菌種的不同和菌體混懸液的濃度等進行設計。凍干好后真空密封保存。

   微生物凍干法采用的凍干設備可以有多種選擇，從實驗室凍干機到研發型凍干機都可以適用。如以下系列凍干機都可以用來凍干保存微生物。