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凍干是一個升華干燥為主的干燥工藝，升華干燥去除了90%~95%的水分，是主要的階段，因此升華的效率非常關鍵。升華過程中有升華的動力，也有升華的阻力。升華過程中的阻力主要來自以下幾個方面：

容器的阻力，如瓶壁，瓶塞，比如西林瓶的選擇不同的瓶塞，阻力大小不一樣，同樣的制品采用的瓶塞不一樣，升華的效率也會有差別。一般三叉和單叉的阻力較小，優于雙叉。

機器本身的阻力，如凍干箱到冷阱之間的管道閥門的阻力，一般管道粗阻力小，管道直阻力小，管道細有彎阻力大。也有凍干箱與冷阱的分布方式有關，如水平方式和垂直或者后置的方式排布阻力是不一樣的。

干燥部分的阻力。升華是一個從表及里，從外而內，從上面到下面的過程。升華界面是逐漸下移的，因此已經干燥部分的空隙是升華的蒸汽的通道。干燥后的孔隙的大小和分布的方式影響升華的效率。如果是大通道，一般升華阻力小，蒸汽能迅速通過通道升華，如果是孔隙小，通道無規則，那么升華阻力大，升華效率低。而升華中的阻力的主要來源就是升華的通道，也就是干燥部分，這個部分阻力占到總阻力的80%~90%。因此為什么說預凍比較重要，因為預凍形成的冰晶大小是升華階段的升華通道，因此控制預凍的速率對升華的影響很大。因此提高效率的話，就要控制合適的冰晶粒徑。太大的話，凍干后復水慢，可能活性物質還會失活，如果太小的話，升華效率低，影響凍干的成本，因此要兼顧效率成本和凍干制品的質量選擇合適的預凍效率。