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DNA親和純化測序(DAP-seq)技術服務
  • DNA親和純化測序(DAP-seq)技術服務
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貨物所在地:河北保定市

更新時間:2024-05-27 17:07:40

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DAP-seq技術的出現,使TFBS 的研究不再局限于物種,不再受抗體質量的限制,為生命科學領域轉錄因子的研究提供了新的有效工具。我們可為您提供DNA親和純化測序(DAP-seq)技術服務和個性化數據分析,具有100多個物種,1000多個轉錄因子的實驗經驗,歡迎咨詢。

DNA親和純化測序(DAP-seq)技術服務


在功能基因組學和表觀遺傳學研究中,轉錄因子結合位點(TFBS)的發掘一直是研究熱點。傳統的ChIP-seq(染色質免疫共沉淀測序)方法,在抗體質量很好的情況下能夠有效檢測到TFBS。然而,好的抗體可遇不可求,這限制了ChIP-seq更廣泛的應用。DAP-seq技術的出現,使TFBS 的研究不再局限于物種,不再受抗體質量的限制,為生命科學領域轉錄因子的研究提供了新的有效工具。


DAP-seq與ChIP-seq技術對比:

技術名稱DAP-seqChIP-seq
實驗模式體外體內
是否需要特異性抗體
是否適用于非模式物種
時間成本
是否高通量












服務項目周期交付結果報價
蛋白表達載體構建1-2周

構建載體的測序結果

實驗過程圖

原始測序數據

分析結果

詳細報價請咨詢

蛋白無細胞表達1-2周
DAP-seq文庫構建1周
DNA親和純化1-2周
上機測序2周
標準數據分析2周

生信分析


  • 對原始數據進行去除接頭、污染序列及低質量 reads 的處理

  • 數據產出統計

  • 參考序列比對分析  

  • 測序reads富集區域掃描(peak calling)

  • Peak在基因功能元件上的分布統計

  • Peak序列模式發掘(motif search)

  • 已知motif注釋

  • Peak相關基因鑒定

  • Peak相關基因的GO和KEGG富集分析

  • 測序數據的可視化分析



項目可行性分析

開展項目之前,我們會根據您具體的轉錄因子做可行性分析報告,供您參考,從多個方面進行可行性分析,包括轉錄因子分子量,亞細胞定位預測,跨膜區預測,蛋白質結構域預測、翻譯后修飾預測,并且根據文獻報道和我們的經驗來進行可行性分析。



已做物種
植物
擬南芥莖瘤芥甘藍型油菜白菜型油菜不結球白菜菜心小麥大麥花生
辣椒番茄草莓黃花棘豆苦蕎紅薯木薯馬鈴薯普通煙草
人參鴨茅海島棉
甘蔗短芒大麥草二色補血草煙草百脈根芍藥
丹參狗尾草菠菜玉米大豆高粱藜麥陸地棉甜瓜
黃瓜葡萄灰氈毛忍冬粉葛三葉青獼猴桃香蕉蒺藜苜蓿紫花苜蓿
伴礦景天苔蘚地錢毛果楊717楊84K楊小黑楊胡楊山新楊
小葉楊歐美楊大青楊毛白楊剛毛檉柳白樺光皮樺油松毛竹
麻竹銀杏油桐荔枝柑橘甜橙歐洲云杉核桃柿子
閩楠木荷臍橙板栗杜梨蘋果
櫻桃麻瘋樹茶樹月季



動物
飛蝗新孢子蟲





真菌
擬輪枝鐮孢菌豬苓真菌意大利青霉草酸青霉腐霉金黃殼囊孢靈芝糙皮側耳草菇
灰蓋鬼傘蟲草亞洲鐮刀菌





細菌
路德維希腸桿菌嗜熱厭氧桿菌生氮假單胞菌伯克赫爾德氏菌布魯氏菌肺炎克雷伯菌






我們可為您提供DNA親和純化測序(DAP-seq)技術服務和個性化數據分析,具有100多個物種,1000多個轉錄因子的實驗經驗,歡迎咨詢。


參考文獻:

O'Malley RC, Huang SC, Song L, Lewsey MG, Bartlett A, Nery JR, Galli M, Gallavotti A, Ecker JR. Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape. Cell. 2016. 165(5):1280-1292. doi: 10.1016/j.cell.2016.04.038.

2016-Cell-DAP Seq-Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape.pdf


Bartlett A, O'Malley RC, Huang SC, Galli M, Nery JR, Gallavotti A, Ecker JR. Mapping genome-wide transcription-factor binding sites using DAP-seq. Nat Protoc. 2017. (8):1659-1672. doi: 10.1038/nprot.2017.055.

2017-Nature Protocols-Mapping genome-wide transcription-factor binding sites using DAP-seq.pdf


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