PCR儀適用的實驗方法：兼容染料及TaqMan探針法。
應用領域：
遺傳性疾病病和某些疑難病的診斷
病原體的檢測
法醫和刑偵鑒定
癌基因的檢查
生物物種鑒定，系統進化研究
親子關系鑒別
動植物檢疫（轉基因動植物檢測）
基因的分享和克隆
在反應的過程中，溫度示值與設定值是否準確，我們需要知道。這是第一個溫度示值誤差；因為我們需要升溫，降溫，升溫，這是不是涉及到一個速率的問題，升降溫的快慢，會直接影響到整個反應過程，所以，升降溫速率也是我們需要考量的一個方向。儀器通過加熱模塊去控制溫度，在快速升降溫的過程中，儀器不可避免的會先升高/降低溫度之后，再達到所設定的問題，這就是溫度的過沖，這也是可能也是一個考量的指標。達到一定的溫度之后，儀器要平衡一段時間（所設定的時間），而溫度平衡的時間和設置的時間，是否一致，也是要考慮的一個方向。不同的DNA模板，需要的溫度和解鏈的時間不一樣，如果解鏈的時間沒達到要求，DNA沒有變性，在降溫復性的過程中，會恢復到天然的狀態。
PCR儀有48孔、96孔、384孔，每一個孔都可以放一個樣品，自然我們上面所說的溫度參數，還是有一些不全。這里大致總結一下：溫度示值誤差、溫度均勻性、溫度最大沖量、溫度持續時間準確度、平均升降溫速率，最大升降溫速率等。
