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真核表達細胞的優點：重組DNA易轉染，遺傳穩定，可重復；識別和去除內含子；進行翻譯后修飾；磷酸化、糖基化、二硫鍵、寡聚體等的形成、高級結構的正確折疊；產品的構型正確率高，可被改造成類人體源性， 免疫源性好；可分泌至培養基，提純工藝簡單，成本低；可用于基因治療。細胞表達系統能誘導高效表達，對表達的蛋白進行正確折疊，并進行復雜糖基化修飾，蛋白活性接近于天然蛋白，不需去除內毒素，周期較長，操作復雜，需要細胞房，無菌，成本投入高。
真核表達細胞載體趨向于既有利于擴增目的基因又有利于篩選陽性克隆的載體的構建。許多有效的應用范圍廣的強啟動子和增強子被人發現并應用于載體中，大大提高了目的基因的表達量，另外一些強的組成型啟動子,已應用于大規模生產的細胞系中。
真核表達細胞表達產物在分子結構、理化特性和生物學功能方面更接近于天然的高等生物蛋白質分子。
1.真核細胞結構及基因組結構遠比原核復雜，其基因表達調控機制發生在染色體活化、基因轉錄激活、轉錄后加工、翻譯及翻譯后加工等水平的調節事件也要復雜的多。
2.原核基因轉錄調節特點:
σ因子識別特異啟動序列，不同的σ因子決定特異基因的轉錄激活，決定mRNA,rRNA和tRNA基因的轉錄。
除個別基因外，原核生物絕大多數基因按功能相關性成簇的串聯、密集于染色體上，共同組成一個轉錄單位——操縱子。一個操縱子只含一個啟動序列及數個可轉錄的編碼基因。
