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蛋白質(zhì)的定量分析主要依靠蛋白質(zhì)本身的發(fā)色基團，或與其它顯色劑反應產(chǎn)生的紫外吸收來進行的。目前常用的蛋白質(zhì)的定量主要有紫外線吸收法、Bradford法及BCA法等。
隨著質(zhì)譜技術(shù)的飛速發(fā)展，利用質(zhì)譜技術(shù)進行蛋白質(zhì)（組）的定性和定量分析得到更為廣泛的應用和研究。
1.蛋白質(zhì)定性分析：確定樣品中是否有蛋白質(zhì)存在，以及存在的是何種蛋白質(zhì)。
蛋白質(zhì)定性分析通常是指利用質(zhì)譜法進行蛋白質(zhì)鑒定和序列分析。蛋白質(zhì)定性分析分為top-down分析和bottom-up分析兩種策略。目前，bottom-up分析策略被更廣泛的應用于蛋白質(zhì)定性分析工作。
Bottom-Up（自底向上）和Top-Down（自頂向下）兩種策略“自底向上”策略是指通過分析由蛋白質(zhì)酶解生成的肽段來鑒定蛋白質(zhì)。“自頂向下”策略直接鑒定完整蛋白質(zhì)，在翻譯后修飾和蛋白質(zhì)同素異構(gòu)體鑒定方面有一些潛在的優(yōu)勢。可是該策略的缺陷是蛋白質(zhì)在氣相中分離、電離及碎裂都十分困難。而蛋白質(zhì)組學由于將蛋白質(zhì)酶解成肽段，使其在氣相中更容易被分離、電離和碎裂。
2.蛋白質(zhì)定量分析：確定樣品中總蛋白含量，或者某種單一蛋白成分的含量。
蛋白質(zhì)相對定量分析
相對定量的目的是測定目的蛋白在兩個或多個樣本中的表達量的相對比例，而不需要知道它們在每個樣本中的表達量。例如，如果研究項目中包括處理過的和未經(jīng)處理的對照樣本，通常可以將未經(jīng)處理的樣本做為對照組，經(jīng)處理的樣本的定量結(jié)果除以對照樣品的定量結(jié)果，就可以計算各個處理樣本的蛋白含量相對于對照組樣品的百分比。
蛋白質(zhì)絕對定量分析
目前基于質(zhì)譜的絕對定量蛋白質(zhì)組學研究主要是指靶向蛋白質(zhì)組學。靶向蛋白質(zhì)組學分析，是指對目標蛋白質(zhì)（或修飾肽段）進行定性和/或定量分析，或者用于驗證大規(guī)模蛋白質(zhì)組學的結(jié)果。基于質(zhì)譜的靶向蛋白質(zhì)組學分析方法，由于沒有物種限制并具備多目標同時分析能力等優(yōu)勢，受到越來越多的關(guān)注和應用。其技術(shù)方法經(jīng)歷了從傳統(tǒng)的SRM/MRM（選擇性/多反應監(jiān)視，selected/multiple reaction monitoring）到PRM（平行反應監(jiān)視，parallel reaction monitoring）的發(fā)展歷程。
絕對定量蛋白質(zhì)組學應用方向：驗證定量蛋白質(zhì)組學結(jié)果、驗證翻譯后修飾蛋白質(zhì)組學結(jié)果、目標蛋白質(zhì)絕對/相對定量分析、診斷標志物靶向篩選、診斷標志物驗證與絕對定量、驗證基因表達產(chǎn)物。
