一、造成峰丟失的故障 造成峰丟失的原因有兩種： 一是是峰沒有分開，另一可能氣路中有污染。 峰丟失的第一種情況是峰沒有分開，可能是因系統污染造成的柱效下降造成，或者是由于柱子老化導致的，但柱子老化所造成的峰丟失是漸進的、緩慢的。 假峰一般是由于系統污染和漏氣造成的，其解決方法也是通過檢查漏氣和去除污染來解決。在平時的工作中應當記錄正常時基線的情況，以便在維護時作參考。 第二種情況可通過多次空運行和清洗氣路（進樣口、檢測器等）來解決。 為了減少對氣路的污染，可采用以下的措施：程序升溫的最后階段應有一個高溫清洗過程； 注入進樣口的樣品應當清潔； 減少高沸點的油類物質的使用； 使用盡量高的進樣口溫度、柱溫和檢測器溫度。 二、基線問題 氣相色譜基線波動、飄移都是基線問題，基線問題可使測量誤差增大，有時甚至會導致儀器無法正常使用。
遇到基線問題時應先檢查儀器條件是否有改變，近期是否新換氣瓶及設備配件。 如果有更換或條件有改變，則要先檢查基線問題是不是由這些改變造成的，一般來說，這種變化往往是產生基線問題的原因。有些人在工作中就遇到過這種情形：新載氣純度不夠，換過載氣之后，基線逐漸上升（由于載氣凈化管的原因，基線不是馬上變化的）。第二天開機之后，基線非常高，并伴有基線強烈抖動，所有峰都湮沒在噪音中，無法檢測。經過檢查，問題出現在新換的載氣上，重新更換載氣后，立即恢復了正常。 當排除了以上可能造成基線問題的原因后，則應當檢查進樣墊是否老化（應養成定期更換進樣墊的好習慣）； 石英棉是不是該更換了； 襯管是否清潔。值得一提的是，清洗襯管時可先用試驗最后定容的溶劑充分浸泡，再用超聲波清洗幾分鐘，然后放入高溫爐中加熱到比工作溫度略高的溫度，最后再重新安裝。 此外，檢測器污染也可能造成基線問題，其可以通過清洗或熱清洗的方法來解決。 三、進樣后不出色譜峰的故障 在進樣后檢測器沒有變化？儀器不出峰？輸出仍是直線？ 遇到這種狀況，應該從進樣針，進樣器，到檢測口的順序逐一排查。
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