傅里葉變換紅外光譜儀主要由紅外光源、干涉儀、樣品池、檢測器、計算機數據處理系統、記錄系統等組成，是干涉型紅外光譜儀的典型代表，不同于色散型紅外儀的工作原理，它沒有單色器和狹縫，利用邁克爾遜干涉儀獲得入射光的干涉圖，然后通過傅里葉數學變換，把時間域函數干涉圖變換為頻率域函數圖。
傅里葉變換紅外光譜儀具有掃描速度極快、很高的分辨能力、靈敏度與信噪比高、測定的光譜范圍寬、能量輸出大、全波段內分辨率一致、重復性好、雜散光干擾小、便于與氣、液色譜聯機等優點。
傅里葉變換紅外光譜儀在食品中的應用：
1、蜂蜜檢測分析：
我國蜂蜜質量參差不齊，摻假現象也較為嚴重。
利用中紅外圖譜分析儀結合化學計量軟件建立真假判別模型判別蜂蜜樣品和其它地區蜂蜜樣品，準確率達90.3%，為蜂蜜真偽鑒別提供了一種有效的方法。
2、肉制品檢測分析：
可用紅外光譜對肉質量評定。
通過肉在不同溫度且有氧儲藏條件下生化指標變化及其紅外光譜間關聯性建立PLS模型，利用建立模型對肉新鮮度進行評定，正確率在86.7%～88.9%之間。
3、果蔬檢測分析：
果蔬中農藥殘留快速、高效的檢測技術是當前食品安全控制關注的重大問題。用傅里葉紅外光譜技術對農藥的紅外光譜進行了測量和分析，驗證了FTIR/ATR技術快速檢測蔬菜中有機磷農藥殘留的可行性，測定農藥檢測限為0.2×10-6(體積分數)，相關系數為0.9141，農藥檢測限為0.02×10-6，相關系數為0.9036，為果蔬農藥殘留檢測提供了一種方便、快捷、準確的方法。
4、食用油檢測分析：
芝麻油中常常摻雜一些廉價的其他油品，嚴重損害了消費者的利益。利用中紅外光譜技術，對純芝麻油、摻入大豆油的芝麻油和摻入菜籽油的芝麻油進行分析，通過不同的預處理方法建立優定性模型，應用優模型進行預測，預測結果準確率高，準確區分了純芝麻油和摻偽芝麻油。
油脂中反式脂肪酸含量嚴重影響人類健康。以酸水解法提取食品中脂肪酸，用傅立葉變換紅外光譜儀對反式脂肪酸含量進行了快速測定，回收率達到89.26%～106.51%，相對標準偏差2.29%，結果準確可靠，為測定食品中反式脂肪酸含量提供了新思路。
5、乳制品的監測分析：
通過紅外光譜技術對乳制品定性定量分析，是實現乳制品快速檢測的有效手段。利用傅立葉變換紅外光譜法測定奶粉中三聚氰胺的含量，選取1551cm-1附近特征吸收峰，建立線性定量模型。結果表明紅外光譜法測定奶粉中三聚氰胺相關度高達0.9992，準確度高、穩定性好、檢測限低，樣品回收率為98.89%。該法可用于三聚氰胺的快速無損檢測，提高奶粉的質量監控能力。
乳制品中脂肪、蛋白質等主要成分的含量及抗生素殘留是判斷其品質的重要指標。利用中紅外光譜技術結合PLS法對原料奶中脂肪、蛋白質含量進行定量分析，結果表明衰減全反射法結合PLS是一種檢測原料奶中蛋白質、脂肪含量的有效手段。
6、酒制品檢測分析：
不同產地的葡萄酒具有不同的質量與風格，市場上葡萄酒以假亂真、以次充好現象頗多，尋找簡單有效地鑒別葡萄酒產區的方法，有利于葡萄酒市場的健康發展。科學家采用近、中紅外光譜的貝葉斯信息融合技術對葡萄酒原產地進行快速識別，建模集準確率為87.11%，檢驗集準確率為90.87%，提高判別的準確度，為葡萄酒原產地真偽識別提供了一種高效低成本的新方法。
此外，利用紅外光譜對白酒年份與香型鑒別也有十分效。因不同香型白酒的成分有所差異，其紅外光譜也不盡相同，可根據紅外光譜差異鑒別不同年份的白酒。
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