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我們知道，基因表達可以通過許多不同的機制進行調節，包括轉錄因子、組蛋白和其他DNA結合蛋白。繪制出DNA和蛋白質之間的相互作用圖譜，對于理解基因激活或抑制以及其他細胞過程至關重要。
傳統上，可以通過進行染色質免疫沉淀和測序(ChIP-seq)來分析這些相互作用。但是這種方法需要大量的起始材料才能產生足夠強的信號以消除背景噪聲，并且經常返回假陽性信號。同時，ChIP-seq還需要優化的超聲處理來破碎染色質，這可能非常耗時并可能導致樣品損失。
在zui近的一項研究中，佛羅里達大西洋大學和國家糖尿病、消化和腎臟疾病研究所的科學家們利用CUT&RUN技術建立了一個功能性全基因組圖譜，該圖譜是一種稱為缺氧誘導因子的蛋白質復合物的特異性結合位點—HIF1α，位于人眼的晶狀體中。該團隊表示選擇CUT&RUN而不是ChIP-seq分析，是因為前者不需要DNA-蛋白質交聯。此外，與ChIP-seq相比，前者成功實驗所需的細胞計數J低。
在該實驗中，CUT&RUN技術得以成功的應用，有助于接下來的大量研究，重點是了解某些蛋白質可能對基因表達的作用。
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