CUT&RUN實驗可以用來分析多種蛋白的染色質圖譜，包括PTMs，轉錄因子，染色質remodelers和染色質writers/readers。

如果你對這個技術不是很熟悉，建議你從細胞類型、實驗條件、對照、抗體等方面來入手。這個試劑盒它可以兼顧多種細胞類型。

對于未固定的細胞，是研究組蛋白PTMs和轉錄因子理想的實驗材料。這種細胞可以有多種來源，包括貼壁、懸浮細胞，組織樣品。

CUT&RUN也可以用lightly-crosslinked細胞，樣品固定一般用于研究一些染色質瞬時作用因子和某些PTMs。也可以提取nuclei，這種方法用于研究那些量很少的PTMs和蛋白。另外，當你的實驗材料是免疫細胞時，也推薦提取nuclei，因為ConA beads可以激活某些免疫細胞。

對照和標準化是整個實驗的關鍵步驟。陽性對照推薦使用H3K4me3或者H3K27me3,；陰性對照推薦使用Rabbit IgG。你還可以使用spike-in來進行標準化。

在zui近的一項研究中，佛羅里達大西洋大學和國家糖尿病、消化和腎臟疾病研究所的科學家們利用CUT&RUN技術建立了一個功能性全基因組圖譜，該圖譜是一種稱為缺氧誘導因子的蛋白質復合物的特異性結合位點—HIF1α，位于人眼的晶狀體中。該團隊表示選擇CUT&RUN而不是ChIP-seq分析，是因為前者不需要DNA-蛋白質交聯。此外，與ChIP-seq相比，前者成功實驗所需的細胞計數J低。

正常而言，隨著出生后眼睛的發育，提供健康血液供應的血管隨著時間的推移開始萎丨縮。結果，眼睛中的氧氣含量穩步下降，造成缺氧環境。HIF1α作為一種蛋白質復合物，可調節身體對缺氧環境的反應，這意味著它可以在晶狀體細胞發育和體內平衡中發揮作用。

該實驗中收集的數據有助于建立眼晶狀體中HIF1αDNA復合物的個功能圖，同時也強調了健康晶狀體發育對HIF1α的需求。zui終，CUT&RUN技術的這種成功應用，有助于接下來的大量研究，重點是了解某些蛋白質可能對基因表達的作用。

艾美捷作為表觀遺傳領域專業的解決方案供應商，推薦EpiGentek的EpiNext CUT&RUN Fast Kit，cat#：P-2028,該試劑盒從低輸入提供無超聲破碎，以可靠地識別真正的目標蛋白質富集區域并實現高分辨率定位。可滿足您快速富集蛋白質結合的DNA并繪制全基因組蛋白質/DNA相互作用的圖譜的需求。