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飛行時間質譜(MALDI-TOF)法,SNP檢測超準的!

時間:2019/2/27閱讀:2369
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全稱Single Nucleotide Polymorphisms,是指在基因組上單個核苷酸的變異,包括轉換、顛換、缺失和插入,形成的遺傳標記,其數量很多,多態性豐富。從理論上來看每一個SNP 位點都可以有4 種不同的變異形式,但實際上發生的只有兩種,即轉換和顛換,二者之比為2:1。SNP 在CG序列上出現為頻繁,而且多是C轉換為T ,原因是CG中的胞嘧啶常被甲基化,而后自發地脫氨成為胸腺嘧啶。

 

一般而言,SNP 是指變異頻率大于1 %的單核苷酸變異。在人類基因組中大概每1000 個堿基就有一個SNP ,人類基因組上的SNP 總量大概是3 ×10^6 個 。因此,SNP成為第三代遺傳標志,人體許多表型差異、對藥物或疾病的易感性等等都可能與SNP有關。

 

遺傳疾病診斷、致病候選基因研究、藥物篩選研究、分子標記輔助育種、群體遺傳研究等領域都會涉及到SNP分型分析。

 

SNP基因分型的常見方法有:

 

Taqman 探針法、SNaPshot法、飛行時間質譜(MALDI-TOF MS)分型、HRM(高分辨率熔解曲線)分型等技術平臺。其中,基于時間飛行質譜(MALDI-TOF)完成的SNP檢測準確率可達99.9%,除了準確性高、靈活性強、通量大、檢測周期短等優勢外,有吸引力的應該還是它的性價比。飛行時間質譜平臺(MALDI-TOF)是通用的基因單核苷酸多態性(SNP)的研究平臺,該方法憑借其科學性和準確性已經成為該領域的新標準。

 

為此,我們推薦使用Solis BioDyne,增強摻入非常規核苷酸效率的TERMIPol ® DNA聚合酶,適合用于MALDI-TOF質譜法其他引物延伸平臺:

 

TERMIPol® DNA Polymerase

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HOT TERMIPol® DNA Polymerase

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       * 如上TERMIPol DNA聚合酶產品均已通過了Bruker與 Agena BioScience平臺的驗證

 

Agena 平臺為例:《MassARRA系統》

原理首先通過PCR擴增出含有SNP位點的一段DNA(SNP位點前后各50bp左右),然后用SAP酶去除掉PCR 體系中剩余的脫氧核糖核苷三磷酸(dNTP)和引物,然后加入一單堿基延伸引物,其3’末端堿基緊挨SNP位點,采用四種ddNTP替代dNTP。這樣,探針在SNP位點處僅延伸一個堿基,連接上的ddNTP與SNP位點的等位基因對應。用基質輔助激光解析電離飛行時間質譜(MALDI-TOF MS) 檢測延伸產物與未延伸引物間的分子量差異,確定該點處堿基。

 

實驗流程如下:

1.PCR擴增含有目的SNP 的DNA序列,并通過純化去除未結合的dNTPs

2.iPLEX單堿基延伸:純化后的PCR產物,針對每個靶點SNP設計一條延伸引物,在以ddNTPs為底物的體系中進行單堿基延伸,每個SNP的等位基因延伸產物僅為末端一個堿基的差異。

3.純化,并將產物轉移到SpectroCHIP芯片上,進行質譜檢測,同一個SNP的等位基因由于分子量不同,形成不同的檢測峰而被區分。  

 

Solis BioDyne的TERMIPol® DNA Polymerase將會用于上圖中的單核苷酸延伸中

 

已發表文章:  

【1】Bormann, Felix Georg et al. “Epigenetic regulation of Amphiregulin and Epiregulin in colorectal cancer.” International journal of cancer 144 3 (2019): 569-581 .

【2】Wilcke, Arndt et al. “The role of gene DCDC2 in German dyslexics.” Annals of dyslexia59 1 (2009): 1-11 .

【3】Ikryannikova, L N et al. “A MALDI TOF MS-based minisequencing method for rapid detection of TEM-type extended-spectrum beta-lactamases in clinical strains of Enterobacteriaceae.” Journal of microbiological methods 75 3 (2008): 385-91 . 【4】Sauer, Sascha et al. “Single-nucleotide polymorphisms: analysis by mass spectrometry.” Nature Protocols 1 (2006): 1761-1771.

 除了上述的的分子診斷神器,Solis BioDyne為客戶提供終點PCR(end-point PCR),qPCR(real-time PCR),反轉錄PCR(Reverse transcription),以及其它PCR所需的配套試劑。產品線縱覽圖如下:  

 

 

 

 Solis BioDyne來源于歐盟-愛沙尼亞共和國,自1995年以來,Solis BioDyne一直致力于開發和生產高品質的生命科學試劑,現已成為當今歐洲的試劑供應商之一。高標準的生產標準和服務使Solis BioDyne成為值得信賴的shouxuanPCR供應商。我們的DNA聚合酶,PCR Master Mixes,qPCR Mixes和其它試劑被110多個國家的研究者所使用,包括dingji研究機構和生物技術公司。

擁有dujia的蛋白質穩定技術zhuanli,確保其PCR酶與PCR Mixes產品具有*的穩定性,研究者可以常溫運輸以及常溫下配置PCR反應體系(無需冰盒)。即使是室溫放置30天,其酶活性也沒有損耗。   作為Solis BioDyne在中國的區域總代理,艾美捷科技有限公司將為中國客戶提供全面的Solis BioDyne產品以及訂制服務。  

Solis BioDyn想要了解更多,歡迎關注公眾號:amyjetsci

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