基質輔助激光電離質譜儀基于每種微生物都由自身*的多肽蛋白質組成。通過MALDI?TOFMS檢測微生物的多肽蛋白質指紋圖譜，經軟件處理并與微生物多肽數據庫進行比對分析，可在幾分鐘之內完成對微生物種、屬水平的鑒定。質譜儀內的質譜可以解釋為測定一個樣本內不同分子經離子化后的質荷比特性。
基質輔助激光電離質譜儀的硬件特點：
1）采用無網直線形飛行管，并配置大面積高靈敏微通道板（MCP）離子探測器；
2）配置速ADC采集卡，采樣頻率可達3GHzsps；
3）使用長壽命氮氣紫外激光器，激光發射頻率在1~60Hz內可調；
4）配備96孔的樣品靶板，含6個質控點，可多次重復清洗使用；
5）配置轉速320L/s的分子泵，縮短進樣等待時間；
6）采用三重滅菌尾氣處理裝置，限度保證實驗安全和保護環境。
基質輔助激光電離質譜儀的主要應用：
1.具有MALDI組織質譜成像功能，適用于組織切片原位分析，像素點大小10-100µm，可調成像采集速度：≥50像素點/秒，具有超高的成像質量，可進行完整的組織學分析；
2.適用于高通量的蛋白質組學研究，包括蛋白質測定，多肽序列分析，蛋白質翻譯后修飾鑒定，蛋白質相互作用和自上而下蛋白質序列分析等研究；
3.適用于蛋白表征，二硫鍵和三硫鍵檢測，糖基化分析；
4.適用于各種同位素標記的生物標識物定量分析；
5.適用于合成化/聚合物的各方位表征。
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