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液相色譜和氣相色譜都是常用的檢測分析儀器，各擅長的區域也不盡相同，下面主要說明液相色譜相較于氣相色譜的部分優勢。
液相色譜和氣相色譜相比較，在以下幾個方面具有優勢：
（1）氣相色譜不適用于不揮發物質和對熱不穩定物質，而液相色譜卻不受樣品的揮發性和熱穩定性的限制有些樣品因為難以汽化而不能通過柱子，熱不穩定的物質受熱會發生分解，也不適用于氣相色譜法。這使氣相色譜法的使用范圍受到了限制。據統計，目前氣相色譜法所能分析的有機物，只占全部有機物的15%~20%。另一方面，液相色譜卻不受樣品的揮發性和熱穩定性的限制所以液相色譜非常適合于分離生物、醫藥有關的大分子和離子型化合物，不穩定的天然產物，種類繁多的其它高分子及不穩定的化合物。
（2）對于很難分離的樣品，用液相色譜常比用氣相色譜容易完成分離，主要有以下三個方面的原因：
①液相色譜中，由于流動相也影響分離過程，這就對分離的控制和改善提供了額外的因素。而氣相色譜中的載氣一般不影響分配，也就是說，在液相色譜中，有兩個相與樣品分子發生選擇性的相互作用。
②液相色譜中具有獨*能的柱填料（固定相）的種類較多，這樣就使固定相的選擇余地更大，從而增加了分離的可能性。
③液相色譜使用較低的分離溫度，分子間的相互作用在低溫時更為有效，因此降低溫度一般會提高色譜分離效率。
（3）和氣相色譜相比，液相色譜對樣品的回收比較容易，而且是定量的，樣品的各個組分很容易被分離出來。因此，在很多場合，液相色譜不僅作為一種分析方法，而且可以作為一種分離手段，用以提純和制備具有中等純度的單一物質。在氣相色譜中所分離出的各樣品組分雖也可以回收，但一般都不太方便，而且定量性差。液相色譜法由于具有這些氣相色譜法不具備的優點，因此在許多領域得到廣泛的應用。