一、基本原理為流動相(緩沖溶液)推動氨基酸混合物流經裝有陽離子交換樹脂的色譜柱，各氨基酸與樹脂中的交換基團進行離子交換，當用不同的pH緩沖溶液進行洗脫時因交換能力的不同而將氨基酸混合物分離，分離出的單個氨基酸組分與茚三酮試劑反應，生成紫色化合物或黃色化合物，用可見光檢測器檢測其在570nm、440nm的吸光度。
二、特點：用于測定蛋白質、肽及其他藥物制劑的氨基酸組成或含量的方法。進行氨基酸分析前，必須將蛋白質及肽水解成單個氨基酸。它是基于陽離子交換柱分離、柱后茚三酮衍生、光度法測定的離子交換色譜儀。氨基酸分析儀由色譜柱、自動進樣器、檢測器、數據記錄和處理系統組成。
三、作用過程：通常細分為兩種系統：蛋白水解分析系統(鈉鹽系統)和游離氨基酸分析系統(鋰鹽系統)，利用不同濃度和pH值的檸檬酸鈉或檸檬酸鋰進行梯度洗脫。其中鈉鹽系統一次最多分析約25種氨基酸，速度較快，基線平直度好；鋰鹽系統一次最多分析約50種氨基酸，速度較慢，基線一般不如鈉鹽系統好。
四、分析效果：從目前已知的氨基酸分析方法比較來看，除靈敏度(低檢測限)比HPLC柱前衍生方法稍低以外(HPLC：<0.5pmol；氨基酸分析儀：<10pmol)，其他如分離度、重現性、操作簡便性、運行成本等方面，都優于其他分析方法。
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