凝膠凈化系統的工作原理是凝膠滲透色譜原理，根據溶質分子大小對復雜樣品進行分離和收集。柱填料凝膠具有不同尺寸的孔穴，當大小不同的組分分子隨流動相進入凝膠，分子越小進入微孔越深，在凝膠中保留的時間也不同，因此可以按照分子大小順序洗脫。大分子先淋洗出來，小分子后淋洗出來，檢測器檢測出信號，組分收集器就會收集含有目標組分的洗脫液。
凝膠凈化系統應用說明：
在對各類食品、農產品、水產品中的農殘、半揮發性有機物分析時，在有機樣品萃取物中一般會含有大分子物質，如果不去除這些物質，會導致色譜柱分離效率降低、進樣口和色譜柱的使用壽命縮短，進而影響數據分析結果。因此，在農殘、半揮發性有機物的樣品分析前，必須進行有效的凈化前處理。而傳統的前處理過程耗時長、溶劑消耗量大，所以凝膠凈化系統的大規模應用是一個必然趨勢。
檢測器是凝膠凈化色譜儀的關鍵部件之一，對于這關鍵部件，它具有以下技術特點：
1、能檢測很低濃度的溶質含量，具有較高的靈敏度；
2、對流量、脈動和溫度的變化不敏感，能連續自動檢測色譜流出液，且具有良好的穩定性，確保長時期地使用；
3、為了提高檢測靈敏度及防止色譜峰的拓寬，檢測器的池體積必須盡可能小，并具有一定的耐壓能力；
4、噪聲和漂移水平低；
5、對試樣濃度應能給出定量的響應值，而且響應值與濃度應具有較寬的線性動態范圍；
6、檢測器對于被分析的樣品必須是非破壞性的}
7、響應時間快，以便快速地記錄色譜峰的流出時間或體積；
8、容易操作，可靠性高。
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