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1.毛細管卡槽的清潔：每次電泳完畢之后，應該將毛細管用清洗液，ddH2O沖洗，然后用氮氣吹干。

2.壓縮機托盤的清潔：在電泳儀設備的底部有一個托盤，它收集來自制冷器的廢液，每周應檢查是否已滿，尤其是潮濕的情況下需進行檢查，如果內部有水，用容器在下部接住，并按下托盤右邊的按鈕。

3.卡槽的清潔：松開固定卡槽前方Holder的螺絲，用羊毛刷及ddH2O清潔卡槽，然后用干凈的刷子將其擦干，如果可以的話，可以用異丙醇，甲醇或者乙醇代替水進行清潔，這樣保存的時間較長。

4.壓力電極的清潔：吸入端電極的清理非常重要，利用甲醇，異丙醇，或者乙醇清潔內部及其頂端。在電極內部小孔的頂部涂上一層薄薄的潤滑油進行有效的防護。壓力電極底部邊緣的兩個小孔需要用羊毛刷和水每個月進行清潔。