(1)所應用的生物反應器可以有不同的類型，如：
好氧生物反應器、厭氧生物反應器等；
(2)所應用的膜可以有不同的類型，如：超濾膜（UF
，0.01~0.04mm）、微濾膜（MF，0.1~0.2mm）、
萃取膜（具有選擇性）；
(3)膜的材料也可以各不相同，如：陶瓷、醋酸纖維
（CA）、聚砜（PS）、聚丙烯晴等；
(4)膜的結構也各不相同，如：中空纖維、管式、平
板式等；
(5)還可以按生物反應器與膜單元的結合方式進行劃
分，可分為：一體式、分離式、隔離式等三種。
①一體式膜生物反應器
其主要特點如下：
A、膜組件浸沒在生物反應器中；B、水需要通過負壓抽吸經過膜單元后排出；C、主要優點有：體積小、整體性強、工作壓力小、節能、不易堵塞等；D、主要缺點為：膜的表面流速小、易污染、出水不連續等。
②分離式膜生物反應器
在分離式膜生物反應器中生物反應器與膜單元相對獨立，通過混合液循環泵使得處理水通過膜組件后外排；其中的生物反應器與膜分離裝置之間的相互干擾較小。
③隔離式膜生物反應器
在隔離式膜生物反應器中所采用的膜是選擇性萃取膜，它能將廢水與生物反應器*隔離開，具有選擇性的萃取模只容許原廢水中的目標污染物透過，并進入生物反應器而被降解，廢水中其它對生物具有毒害的物質則不能進入生物反應器，這樣可以提高生物反應器的效能；而廢水中的有毒有害物質則可以單獨通過其它物化的方法進行處理。
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