細胞中如果污染細菌，最常見的有枯草桿菌等革蘭陽性菌以及大腸桿菌、假單孢菌等革蘭陰性菌，其中又以白色葡萄球菌較常見。培養細胞受細菌污染后，會很快出現培養液變混濁，pH 改變。
也有少數培養液肉眼觀察無多少改變，只能在鏡下發現菌體才知污染。所以，每天應仔細觀察。污染后細胞發生病理改變，胞內顆粒增多、增粗，最后變圓脫落死亡，造成實驗失敗和細胞株(系)丟失。
細胞污染的來源
無菌觀念薄弱，穿戴不注意
進細胞房不換鞋，不戴口罩，不戴手套，是細胞房的大忌諱！有更嚴格的細胞房連帽子都要戴上。為什么呢？換鞋是為了隔離真菌。戴口罩是為了防止口腔支原體不會污染細胞了。不戴手套，根本就清除不掉你手上的細菌真菌，要不你試試看拿火燎一下你的手，焦了才算滅菌。
紫外線和酒精滅菌，不能亂用
能滅菌，但是紫外和酒精最多只能滅細菌，對真菌傷害很小。你不戴手套，僅用噴壺噴手是沒有什么用的。超凈臺為什么盡量要用酒精棉球而不是用酒精噴壺呢？因為用酒精棉球的話，可以在滅菌的同時把菌體從手上擦下去。而噴壺只能短暫滅菌而已，所以要多用棉球，少用噴壺。
使用生物安全柜，別超安全線
生物安全柜的玻璃窗是有警戒線的，超過這個警戒線，生物安全柜的風簾就起不到太大作用，且會引入室內空氣中的真菌，比如你的臭鞋里的酵母啥的。還會讓你給細胞送溫暖的呼吸里，自動帶上支原體。
拿細胞培養瓶的時候不注意操作
用細胞培養瓶來培養的時候，最忌諱的是你拿瓶子的時候，手拿著有蓋子的那一面。因為一般來說瓶蓋開關是最容易接觸到瓶口的，你手拿著培養瓶，那手的虎口夾縫里所含有的真菌很容易就接觸到瓶蓋上，一旦造成污染，就是很嚴重的。
實驗用品亂擺放
生物安全柜里操作的時候，門前最忌諱堆一堆雜七雜八的東西，槍頭盒、血清、管子，培養皿、移液器、酒精噴壺、酒精燈，堆了一大堆。有的都堵住了安全柜門前的出風口。一來會導致操作起來并不是井井有條，會導致動作幅度過大，擾亂氣流。二來這些東西一旦擋住風口，也會擾亂生物安全柜的氣流，氣流變化會導致外部不潔凈的空氣流入，也同樣會導致生物安全柜的潔凈作用失效。
不注意清潔水浴鍋
水浴鍋是比較容易忽視的，復蘇細胞的時候，37℃，對細菌真菌來說這就是溫床啊。復蘇完，濕漉漉的凍存管，任你再怎么噴酒精也并沒有什么意義了。那要怎么辦，水浴鍋一來是定期清潔，二來是加一些抑菌劑
水盤污染
培養箱的水盤也是坐擁37℃溫床的水環境。水盤里若是飄著特別大的一塊塊霉斑。一污染就一箱子全報廢了，培養箱要定期用0.1%的新潔爾滅或者84清洗(交替使用，防止微生物耐藥)。水盤也一樣，水盤中加入飽和的磷酸氫二鈉可以有效預防細菌真菌，但是需要定期加入去離子水防止析出。
滅菌滅不好
細胞房所使用的槍頭，必須要經過濕熱滅菌， 用報紙包裹好槍頭，是因為滅菌鍋一般在細胞房外面，所以要保證內部槍頭盒結晶。烤干是為了防止內部有水分，當你開啟槍頭盒后，有水的地方更容易被霉菌的孢子所接觸附著，也就更容易污染。所以這個也必須要注意！
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