廢紙造紙工藝存在很大的節水潛力，但是水的節約意味著大量水的回用和污染物的積累。廢紙造紙廠通過處理改造，都遭遇了諸多問題，其中主要的是以下三個問題：鹽分的富集、難降解污染物的富集和色度不斷增加的問題。
微生物生長問題會造成紙面的空洞、透明點等紙病；廢水循環，導致鹽的積累，會引起設備結垢、毛布和銅網的堵塞、產生氣泡干擾造紙過程，鹽的積累還會引起腐蝕問題；工藝過程中形成的二次膠粘物沉積于設備表面，會危害造紙過程，引起相當于樹脂障礙和涂布損紙的白樹脂問題等等。
造紙廢水處理采用合理生物處理工藝解決污染物富集的問題：我們認為造紙廢水中使廢水發臭的原因是生物可降解有機物，也可以說是廢水中的BOD。污水中BOD的去除是靠微生物的吸附作用和代謝作用，然后對污泥與水進行分離完成的。
厭氧過程可分為水解階段、酸化階段和甲烷化階段，前兩個階段速度相對較快，在工程上難以嚴格分離。水解酸化主要是把需要通過胞外酶的分解才得以進入微生物體內代謝的不溶性大分子物質轉化為微生物可以直接攝取溶解性的小分子有機物質，厭氧水解酸化主要為改善和提高廢水的可生化性和溶解性，并降解部分BOD。活性污泥中的微生物在有氧的條件下，將污水中的一部分有機物用于合成新的細胞，將另一部分有機物進行分解代謝以便獲得細胞合成所需的能量，其產物是CO2和H2O等穩定物質。在合成代謝與分解代謝過程中，溶解性有機物(如低分子有機酸等)直接進入細胞內部被利用，而非溶解性有機物則首先被吸附在微生物表面，然后被細胞外酶水解后進入細胞內部被利用。
控制生產中添加填料，減少鹽分富集：造紙加填料的目的是降低紙的成本，現在主要目的是使紙張獲得某些特殊性質。由于加填的目的不同，填料在紙中所占的比例差別較大，一般在l0%～20%。采用一種填料或幾種填料取決于所要求的紙張特殊性質。在各類紙中，印刷用紙和書寫紙的填料用量較大。
填料有助于改善紙張的下列性質：
①通過填充紙頁中的空隙，提高紙頁的勻度與平滑度。
②增加紙的不透明度和白度(通過使用碳酸鈣)。
③增加適印性。
④增加尺寸穩定性。
⑤降低紙的成本。同時，加填對紙張和造紙過程也有不利影響，加填會減少纖維間的結合，造成紙的強度下降，印刷時易掉毛掉粉，同時會增加對紙機的磨蝕。
⑥為提高紙對水浸透的抵抗性而使用施膠劑。
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