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電化學微膜抑制器較常見的故障是漏液
大多數電化學微膜抑制器可通過將螺紋結構反向旋轉而從儀器上拆除，但另一些，如那些通過釋出填藥的氣體來降低設備速度的抑制器，則是和儀器制造在一起的，因此只能通過拆儀器來拆除抑制器。這類通常稱為整體式抑制器。電化學微膜抑制器也比可分離式的抑制器更粗，因為它們是貼附于整個儀器長度的大部分之外的，這使它們在承受扭力時不易產生彎曲，例如發生儀器械跌落時。而對可分離式抑制器來說，在安裝時哪怕出現稍微沒有對正的情況都會導致其與設備的接觸，這會大程度地嚴重影響射擊的精度，糟糕的情況還會導致使用時射出的設備把電化學微膜抑制器從儀器上扯下來。
電化學微膜抑制器在化學抑制型離子色譜中具有舉足輕重的作用。抑制器工作性能的好壞對分析結果有很大的影響。電化學微膜抑制器較常見的故障是漏液，使峰面積減小（靈敏度下降）和背景電導升高。
（1）峰面積減小。造成峰面積減小的主要原因有：微膜脫水、抑制器漏液、溶液流路不暢和微膜被玷污。抑制器不用，會發生微膜脫水現象，為激活抑制器，可用注射器向陰離子抑制器內以淋洗液流路相反的方向注入少許0.2mol／L硫酸；陽離子用0.2mol／L氫氧化鈉。同時向再生液進口注入少許去離子水，并將抑制器放置半小時以上。抑制器內玷污的金屬離子可以用草酸溶液清洗。
（2）背景電導高。在電化學微膜抑制器分析過程中，若背景電導高，則說明抑制器部分存在一定問題。其原因大多是操作不當，例如：淋洗液或再生液流路堵塞，系統中無溶液流動造成背景電導偏高或使用的電抑制器其電流設置太小等。膜被污染后交換容易下降亦會使背景電導升高。而失效的抑制器在使用時會出現背景電導持續升高的現象，此時應更換一只新的抑制器。
（3）漏液。電化學微膜抑制器漏液的主要原因是抑制器內的離子交換膜沒有充分水化。因此，長時間未使用的抑制器在使用前應先讓膜水化溶脹后再使用。另外要再生液出口順暢，因為反壓較大時也會造成抑制器漏液。由于抑制器保管不當造成抑制器內的微膜收縮、破裂也會發生漏液現象。