離子色譜（陰離子）一般使用碳酸鹽系統或者氫氧化物系統作為流動相，采用優級純級別的碳酸鈉、碳酸氫鈉、氫氧化鈉、氫氧化鉀是非常有必要的，能夠很好的降低流動相中的雜質離子，當然同理，mg/L級別離子分析分析純的試劑也能夠滿足需要。目前有商品化的碳酸鹽濃溶液和氫氧化物濃溶液，使用此溶液直接稀釋可以減輕配制的工作。

　　

　　離子色譜的流動相基本以水相體系為主，離子色譜的水一般建議使用高純水，如果僅僅為一般性實驗（如mg/L級別離子分析），則娃哈哈純凈水等也是可以使用的，但分析低含量（µg/L）級別的離子還是需要18.2MΩ/cm的高純水，有時候不能相信國產的某些純水機，其電導顯示有一定的誤差。如需要判斷水是否可以使用，可以以純凈水為流動相，不經過色譜柱、抑制器直接進入電導檢測器測定基線，的高純水的電導率會在0.5µS/cm以下，一般認為1µS/cm以下的水可以用于分析低含量的離子。娃哈哈純凈水根據產品、批次的不同一般在3µS/cm左右，不可以使用更高電導率的水作為流動相的載體。實驗室使用娃哈哈純凈水、蒸餾水或去離子水作為水源，配上進口的高純水機是比較理想的選擇。

　　

　　流動相配制完畢后一定要通過溶劑過濾器（0.45或0.22µm）過濾水中的顆粒，這些顆粒很可能會造成色譜柱不可恢復的損害，使色譜柱壓力增高，柱效降低。流動相由于濃度較稀，長時間放置容易滋生菌類，因此流動相的壽命不應該過7天，如色譜柱和抑制器允許，可以在流動相中添加適量有機溶解(如5%丙酮)，可以抑制菌類的生長。新流動相更替舊流動相時，應該先將色譜柱前的管路沖洗干凈后再連接色譜柱。