立體顯微鏡在使用前的調校主要有：調焦，視度調節，瞳距調節和燈泡更換幾個步驟。下面分別進行說明。調焦：將工作臺板放入底座上的臺板安裝孔內。觀察透明標本時，選用毛玻璃臺板，觀察不透明標本時，選用黑白臺板。然后松開調焦滑座上的緊固螺釘，調節鏡體的高度，使其與所選用的物鏡放大倍數大體一致的工作距離。調好后，須鎖緊緊固螺釘。調焦時，建議選用平面物體，如印有字符的平整紙張、直尺、三角板等。
視度調節：先將左右目鏡筒上的視度圈均調至0刻線位置。通常情況下，先從右目鏡筒中觀察。將變倍手輪轉至zui低倍位置，轉動調焦手輪和視度調節圈對標本進行調節，直至標本的圖像清晰后，再把變倍手輪轉至zui高倍位置繼續進行調節直到標本的圖像清晰為止，此時，用左目鏡筒觀察，如不清晰則沿軸向調節左目鏡筒上的視度圈，直到標本的圖像清晰為止。瞳距調節：扳動兩目鏡筒，可以改變兩目鏡筒的出瞳距離。當使用者觀察視場中的兩個圓形視場*重合時，說明瞳距已調節好。
立體顯微鏡應該注意的是由于個體的視力及眼睛的調節差異，因此，不同的使用者或即便是同一使用者在不同時間使用同一臺顯微鏡時，應分別進行齊焦調整，以便獲得*的觀察效果。無論是更換上光源燈泡，還是更換下光源燈泡，在更換前，請務必將電源開關關上，電源線插頭一定要從電源插座上拔下。當更換上光源燈泡時，先擰出上光源燈箱的滾花螺釘，取下燈箱，然后從燈座上卸下壞燈泡，換上好燈泡，再把燈箱和滾花螺釘裝上即可。當更換下光源燈泡時，需將毛玻璃臺板或黑白臺板，從底座上取出，然后從燈座上取下壞燈泡，換上好燈泡；再把毛玻璃臺板或黑白臺板裝好即可。更換燈泡時，請用干凈的軟布或棉紗將燈泡玻殼擦拭干凈，以保證照明效果。
立體顯微鏡使用方法
1、裝好顯微鏡后，在確保供電電壓與顯微鏡的額定電壓一致后方可插上電源插頭，打開電源開關，并選擇照明方式；
2、根據所觀察的標本，選好臺板，裝入底座臺板孔內，并鎖緊。
3、松開調焦滑座上的緊固螺釘，調節鏡體的高度，目測工作距離在80mm左右，調好后，鎖緊托架，將安全環緊靠調焦托架并鎖緊。
4、裝好目鏡，先將目鏡筒上的螺釘松開，裝好目鏡后再將此螺釘擰緊。
5、調好瞳距，當使用者通過兩個目鏡觀察視場時中不是一個圓形視場時，應扳動兩棱鏡箱，改變目鏡筒的出瞳距離，使之達到能觀察到一個*重合的圓形視場。
6、立體顯微鏡觀察標本。 先將左目鏡筒上的視度圈調至0刻線位置。通常情況下，先從右目鏡筒中觀察，將變倍筒轉至zui高倍位置，轉動調焦手輪對標本調焦，直至標本的像清晰后，再把變倍筒轉至zui低倍位置，此時，用左目鏡筒觀察，如不清晰則沿軸向調節目鏡筒上的視度圈，直到標本的像清晰，然后再雙目觀察其調焦效果。
7、結束觀察時，關掉電源，移走標本，用防塵罩將顯微鏡嚴密罩蓋。
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