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呈傘狀的噴霧是良好的信號的前提。可以通過源上的窗口對噴霧狀態進行檢查，可借助手電筒放大鏡等工具以利于觀察。當噴霧針傾斜以及堵塞都會導致噴霧狀態的良好性。

儀器的正常運轉離不開真空度。當真空度“太好"時需要注意儀器的碰撞氣是否足量以及毛細管是否堵塞。毛細管是前級電壓和大氣壓的通路，是確保真空度的重要組件。當毛細管中間出現了污染或銹著造成毛細管堵塞。又或者當儀器無法達到原有的真空度時有可能是機械泵的泵油泄露導致泵油不足、真空腔泄露，嚴重的則有可能是分子渦輪泵損壞。

電流可分為腔電流和毛細管電流。腔電流反映的是離子生成的效率，而毛細管電流反映的是離子傳輸的效率。電流反映了離子遷移的情況，應保持持續穩定。對儀器進行調諧時建議在做檢驗調諧或者自動調諧的時候記錄每一次調諧的腔電流和毛細管電流，電流值維持穩定則說明離子源狀態良好。需要注意的是電流值不應出現數量級上的變化或成倍的衰減。

在質譜故障的檢查前，需要去系統中生成的日志文件去查看具體的故障信息，來判斷需要對儀器進行哪些操作。

質譜故障排查前需要回憶。曾經儀器做過哪些修改，而在修改后儀器出現了什么樣的現象。儀器在長時間的使用過程中，需要對某些具體的參數做以留意。例如：在每次調諧報告中的背景污染以及各離子的響應、配置流動相、更換色譜柱等等都會對質譜造成影響。