疏水層析填料是根據不同的蛋白與疏水表面產生的相互作用的差異，進行蛋白分離的一種方法。一般而言，離子強度（鹽濃度）越高，物質所形成的疏水鍵越強。影響疏水作用的因素包括：鹽濃度，溫度，pH，表面活化劑和有機溶劑。疏水層析的應用與離子交換層析的應用剛好互補，因此，可以用于分離離子交換層析很難或不能分離的物質。
疏水層析填料的特點：
致孔技術帶來均一的孔道，使分子量的影響降到更低。
親水性改造技術和疏水官能團鍵合技術，使填料具有更大的分離度和更高的動態載量。
填料裝柱壓縮系數更小，遠低于葡聚糖和瓊脂糖填料。
更全的填料規格，提供客戶專業定制化服務。
機械強度高，反壓低，提高生產效率。
層析工藝：
a、柱床高度，流速及反壓越大，工藝過程填料受到的外力就會增大，填料的壽命衰減就會增大。
b、層析工藝過程的緩沖液的種類及洗脫的CV數也會影響填料的壽命，緩沖液越溫和對填料壽命衰減影響越小，洗脫CV數越小對填料壽命衰減影響越小。
疏水層析填料的維護保養：
合理的維護保養過程可以降低填料壽命的衰減，但是維護過程的CIP及消毒過程通常都需要劇烈的條件，如強酸強堿等，所以CIP的強度及頻率越大對填料的壽命衰減影響越大。
a.再生：恢復介質原有功能；
b.清洗（CIP)：去除填料中積累的雜質及污染物，比再生劇烈；
c.消毒：去內毒素及微生物；
d.保存：使用后合理保存。
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