反相色譜法中有種特殊的模式非水反相色譜法（NARP），色譜柱是非極性（如C18），流動相顧名思義非水全部由有機相組成。非水反相色譜（NARP）中主要用來分離疏水性很強的樣品，這些樣品的保留能力很強，如脂類、合成聚合物等。非水反相色譜中的流動相是由極性較強的有機溶劑A和極性較弱的有機溶劑B組成。通常A溶劑常用的是乙腈或甲醇，B溶劑是四氫呋喃、異丙醇、二氯甲烷、甲基叔丁基醚或者其他極性較弱的有機溶劑。樣品保留是通過改變%B或B溶劑的極性來控制的。
反相色譜法的保留機制長久以來都是研究重點。溶質分子在固定相的定位可能有幾種形式存在，如疏溶劑作用、吸附作用、分配作用等。疏溶劑相互作用假定了溶質分子與配合基對齊并且附著在它上面。吸附意味著溶質分子并沒有滲透到固定相里面而是保留在固定相和流動相液體之間。分配作用為固定相和液體類似，溶質分子溶解在里面。見下圖：
其中疏溶劑的作用是接受比較廣的理論：相對而言，疏水性的溶質分子比較喜歡吸附在疏水性的烷基基團上，因此也叫疏水性保留。反相色譜法中鍵合的烷基等非極性固定相，流動相為水、有機溶劑、緩沖液等極性溶劑。鍵合相鏈越長、疏水性越強，溶質的保留值越大；流動相表面張力越大、介電常數越大、極性越強，溶質與鍵合相的作用越強，流動相的洗脫能力越差，溶質保留值越大。溶質的極性越弱，疏水性越強，保留值越大。
對于非水反相色譜法，原理和反相色譜法一致。固定相為非極性固定相。樣品由于疏水性較強，保留較大，不采用強極性水溶液作為流動相，全部由有機溶劑組成。
非水反相色譜法方法優化同反相色譜法，主要通過改變%B或B溶劑的極性來調節，等度或梯度都能使用，同時柱溫對樣品的分離也有影響。一般采用sou選采用ACN（A）和THF（B）的混合溶劑為作為初始流動相。若用100%THF樣品保留仍太強，可以用極性較弱B溶劑（如二氯甲烷或氯仿）來替換，但是應考慮使用二氯甲烷或氯仿的檢測波長。
非水反相色譜法為反相色譜法的一種特殊模式，色譜柱同反相色譜法常用的非極性色譜柱，流動相全為有機相，樣品保留是通過改變極性較弱溶劑的極性來控制；主要分離疏水性很強、不溶于水的樣品。在平時工作中，遇到類似物質可以考慮使用非水反相色譜法。
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