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菌種作為一項重要的生物資源，對微生物學教學和研究是*的。菌種保存方法因微生物的不同而異。在菌種保存過程中，必須使微生物的代謝處于zui不活躍或相對靜止的狀態，才能在一定的時間內不發生變異而又保持生活能力。低溫、干燥和隔絕空氣是使微生物代謝能力降低的重要因素，故菌種保存方法多依據這三個因素而設計。
菌種保存方法有多種，的為真空冷凍干燥法，具有保存時間長、成活率高、變異小等優點，但操作技術難度大，花費高，需特殊設備，一般單位不易做到，而一些常規方法，常因傳代次數多、易污染、易變異，給保存帶來諸多不利。
菌種是細菌工作中所*而又具有傳染性生物學因子。為了保證工作和安全，對菌種必須妥善保存和保管。保存菌種不僅要求不死，還要求其生物學性狀、生理特性、抗原性等方面不發生變異，這是保存菌種的重要環節。延長菌種存活期應注意：首先，待保存菌種須選擇生長期幼齡培養物，且制成濃菌液保存，以保證存活率。其次，高層半固體培基選擇不含或含糖量低的培基，可減少或避免因代謝產物產生而造成的細菌死亡。zui后，保存溫度的高低可影響存活率，切忌反復凍融。