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費氏弧菌發光桿菌發酵床菌種中的有益微生物是發酵床的核心所在，也是影響發酵床工作效率的重要因素。因此，如何挑選發酵床菌種是大多養殖戶都會去思考的問題。
為了保證發酵床功能的多樣化，應選擇多種菌類復合而成的發酵床菌種。發酵床是一個復雜的生態系統，并不是某一種菌就可以帶動發酵床正常工作的。發酵床中溫度、濕度、通氣性甚至酸堿度都需要有不同的有益菌進行調節，發酵床如果不能對這些因素進行控制，會使有益菌因生長環境惡劣而大量死亡，造成死床現象。使整個發酵床報廢，起不到任何作用，浪費了養殖戶極大的時間與財力，造成嚴重損失。
選擇操作簡單的發酵床菌種制作發酵床。一來可以避免繁瑣的制作過程，節省時間，二來減少在制作過程中因操作失誤造成的發酵床制作失敗，降低出現損失的概率。
注意有效活菌數，發酵床費氏弧菌發光桿菌菌種的好壞并不是依靠有益菌數量的多少進行判斷，而是根據有效活菌數來決定。發酵床是通過有益菌的活動繁殖才能對養殖動物有所幫助，沒有用的菌以及已經死亡的菌對發酵床沒有任何幫助，很多不法商家就利用這一點，偷換概念，使制作出來的發酵床養殖效果很差。
使用發酵床進行養殖的目的在于降低養殖成本，提高經濟效益。所以在挑選發酵床菌種的時候也要注意使用這款發酵床菌種的成本。值得注意的是，這里所指的成本不光指發酵床菌種的價格，也要考慮使用這款菌種制作發酵床每平米的均價，發酵床菌種的有效活菌數，墊料成本、日常維護難易程度、對養殖動物的幫助，甚至失敗的幾率都需要考慮在內，通過多方面的考慮才可以選擇出一款真正適合您的費氏弧菌發光桿菌菌種。