個體難以用肉眼觀察的一切微小生物之統稱。 微生物包括細菌、病毒、真菌、和少數藻類等。(但有些微生物是肉眼可以看見的，像屬于真菌的蘑菇、靈芝等。)病毒是一類由核酸和蛋白質等少數幾種成分組成的"非細胞生物"，但是它的生存必須依賴于活細胞。根據存在的不同環境分為空間微生物、海洋微生物等，按照細胞機構分類分為原核微生物和真核微生物，現在我們看看常見微生物帶來的影響。
1、大腸菌群
大腸菌群不是細菌學上分類命名，而是一組與糞便污染有關的細菌。這群細菌既有致病菌，也有非致病菌。大腸菌群包括：大腸埃希氏菌、檸檬酸桿菌、產氣克雷伯氏菌、和陰溝腸桿菌等。
大腸菌群都是直接或間接地來自人和溫血動物的糞便。因此大腸菌群作為糞便污染的指標菌評價樣品中是否受到糞便的污染，表示了對人體健康是否具有潛在的危險性。大部分食品對大腸菌群均有*規定，如糕點、面包（≤）10cfu/g；熟肉制品（≤）10cfu/g。食用了大腸菌群超標的食物輕則可能導致急性腹瀉，重則引起食物中毒或腸道外感染。
2、霉菌
霉菌，是絲狀真菌的俗稱，意即"發霉的真菌"，它們往往能形成分枝繁茂的菌絲體，但又不像蘑菇那樣產生大型的子實體。在潮濕溫暖的地方，很多物品上長出一些肉眼可見的絨毛狀、絮狀或蛛網狀的菌落，那就是霉菌。霉菌有的使食品轉變為有毒物質，有的可能在食品中產生毒素，即霉菌毒素。霉菌毒素對人主要毒性表現在神經和內分泌紊亂、免疫抑制、致癌致畸、肝腎損傷、繁殖障礙等。比如我們比較熟悉的AFT，當人攝入量大時，可發生急性中毒，出現急性肝炎、出血性壞死、肝細胞脂肪變性和膽管增生。當微量持續攝入，可造成慢性中毒，生長障礙，引起纖維性病變，致使纖維組織增生。AFT的致癌力也居*，是目前已知致癌物之一。 如GB 7099-2003 糕點、面包衛生標準規定，霉菌*熱加≤100cfu/g；冷加工≤150cfu/g；GB 7110-2003 餅干衛生標準霉菌*夾心餅干和非夾心餅干都≤50cfu/g。
3、酵母
酵母，一般泛指能發酵糖類的各種單細胞真菌，可用于釀造生產，也可為致病菌，更是遺傳工程和細胞周期研究的模式生物。酵母菌是人類文明史中被應用得早的微生物。啤酒酵母、面包酵母被人類用于制作食品及飲料。有些酵母菌對生物或用具是有害的，例如紅酵母（Rhodotorula）會生長在浴簾等潮濕的家具上；白色假絲酵母（或稱白色念珠菌）（Candida albicans）會生長在陰道襯壁等濕潤的人類上皮組織。
4、副溶血性弧菌
副溶血性弧菌是一種海洋細菌，主要來自海產品，如墨魚、海魚、海蝦、海蟹、海蜇，以及含鹽分較高的腌制食品。進食含有該菌的食物可致食物中毒，也稱嗜鹽菌食物中毒。臨床上以急性起病、腹痛、嘔吐、腹瀉及水樣便為主要癥狀。此菌對酸敏感，在普通食醋中5分鐘即可殺死;對熱的抵抗力較弱。如GB 29211-2013對水產品及水產品即食調味品有副溶血性弧菌*規定，*100MPN/g(mL)
5、志賀氏菌
志賀氏菌即通稱的痢疾桿菌。細菌性痢疾是常見的腸道傳染病,夏秋兩季患者多。傳染源主要為病人和帶菌者，通過污染了痢疾桿菌的食物、飲水等經口感染。人類對志賀氏菌易感，10～200個細菌可使10～50%志愿者致病。一般說來，志賀氏菌所致菌痢的病情較重；宋內氏菌引起的癥狀較輕；福氏菌介于二者之間，但排菌時間長，易轉為慢性。志賀氏菌侵入腸粘膜組織并釋放內毒素引起癥狀。潛伏期一般10-14h。癥狀為劇烈腹痛、腹瀉(水樣便，可帶血和粘液)、發熱、里急后重顯著。嚴重者出現痙攣和休克。
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