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1. 恒度洗脫
一定是將水相與有機相混合后、抽濾(使用混合型過濾膜)，用一個管路(如A管)泵入儀器，這是使用的原則。切勿因節約有機相、便于摸索色譜條件等原因而使用兩個管路(一個純水相、一個純有機相)泵入儀器，即便配制了脫氣機。因此種情形極易造成水相中鹽和表面活性劑的少量析出。
剩余流動相可繼續使用，密封后放置陰涼處;待下次試驗時與新配制的流動相混合后抽濾即可。無需擔心發霉、無機鹽析出、揮發、比例不準等問題，這些皆為疑神疑鬼的表現。
2. 梯度洗脫
流動相配制最為科學的方式是：A相為高比例的水相-低比例的有機相、B相為低比例的水相-高比例的有機相(英國藥典幾乎均如此);其次為：A相為高比例的水相-低比例的有機相、B相為純有機相;最不科學的為：A相為純水相、B相為純有機相，如既有質量標準采用了此種方式，建議改為第二種或第一種方式，否則基線漂移嚴重，難以進行穩定的雜質檢測。
梯度洗脫結束后，建議經5分鐘回到初始狀態，再平衡5分鐘后開始下一針測定。這10分鐘的穩定極為關鍵。切勿短時間內回到初始狀態，會對儀器和色譜柱損傷較大。
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