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選擇氣相色譜儀首先要考慮的是氣相色譜儀毛細血管柱，而氣相色譜儀毛細管柱需要考慮的因素有：固定相、內徑、柱長度和液膜厚度。
毛細管柱的固定相從理論上遵循相似性原則，即用非極性固定相分析非極性物質，用極性固定相分析極性物質，用含芳香基團的固定相分析芳香族被分析物。
① 一般來說，拿到一個未知的被分析物，可以采用盲摸的原則進行：可以從非極性柱或弱極性柱如SPB-1或SPB-5開始試用，如效果不好，再按極性漸強的順序選用中等極性直至高極性柱逐一嘗試，直到有較令人滿意的分析結果即可確定適用的柱極性。
② 低流失(“ms")毛細管柱通常更為惰性，有更高的溫度上限,適用于MS檢測器。
③ 能使用非極性固定相就不要使用極性固定相，非極性固定相比極性固定相具有更長的壽命。
④ 要選用與被分析物極性相似的固定相。
⑤PLOT柱用于在高于室溫的柱溫下來分析氣體樣品。
⑥ 分析二甲苯等芳烴異構體，Wax類強極性毛細管柱。
⑦ 在做應用方法確證時，可同時使用非極性柱和極性柱，對色譜峰鑒定或分離結果進行確證。
⑧ 通常做農藥分析方法確證時，選用弱極性或中等極性毛細管柱（如5%苯基，95%苯基甲氧聚硅氧烷和7%氰甲基，7%苯基，86%甲基聚硅）；做殘留溶劑分析方法確證時，選用中等極性或弱極性毛細管柱（-5MS和-624/-VMS）；做醇類或FAME分析方法確證時，選用PEG和含氰基固定相毛細管柱；做汽油中氧化物分析方法確證時，選用-1和PEG毛細管柱。
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