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溶劑瓶是流動相的起點，通常是盛放水相溶液或是有機相溶液。
1. 水相溶液
對于水相溶液來說，首要的問題是防止污染。雖然液相用的水大都經過殺菌處理，但是細菌的生命力很頑強，在適當的溫度和光照情況下，它們就會活躍起來，如果在流動相里加入磷酸鹽一類的添加劑，它們更是如虎添翼。所以，對于溶劑瓶我們要做的非常重要的工作就是勤換流動相，常換常新。
2. 有機相溶液
對于有機相溶液，可以不用擔心細菌繁殖的問題。但是有機相容易發生聚合，特別是乙腈在適宜的光照條件下極易發生聚合，瓶子里就會出現一些絮狀的聚合沉淀物。為了防止聚合過程的發生，裝乙腈時要用棕色的溶劑瓶，避免陽光直射，更換乙腈時應當棄去瓶底剩余的溶液。
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