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【神經(jīng)研究】——高分文獻及多維度研究思路分享

閱讀:778        發(fā)布時間:2022-7-13

今天小優(yōu)為大家?guī)砩窠?jīng)領(lǐng)域研究中單細胞多組學技術(shù)的應用案例,同時為大家提供了從基因、蛋白、組織到細胞的多維度實驗思路。


基因分析
一、Nature Communications:發(fā)現(xiàn)阿爾茨海默病潛在治療靶點
 
阿爾茨海默病(AD)的脂質(zhì)異常是人們了解最少的。本文研究了脂肪酸去飽和的關(guān)鍵調(diào)節(jié)因子SCD在AD發(fā)病機制中的作用。發(fā)現(xiàn)在AD的3xTg小鼠模型中,抑制大腦SCD活性1個月改變了海馬中與AD相關(guān)的核心轉(zhuǎn)錄組通路,并同時恢復了海馬功能的重要組成部分,包括樹突刺和結(jié)構(gòu)、即時早期基因表達以及學習和記憶本身。此外,SCD抑制小膠質(zhì)細胞的激活。這些數(shù)據(jù)表明,腦脂肪酸代謝將AD基因與下游的免疫、突觸和功能損傷聯(lián)系起來,表明SCD是AD治療的潛在靶點
為了更好地了解早期有癥狀的3xTg海馬體的遺傳狀態(tài),研究者對8個月大的雌性野生小鼠和3xTg小鼠進行了全海馬bulk RNA測序及單細胞RNA測序
 
小膠質(zhì)細胞僅占海馬細胞的5-10%,存在于多種細胞狀態(tài),對組織加工應激高度敏感,因此在其原生環(huán)境下研究具有挑戰(zhàn)性。研究者使用溫和的、基于微孔的BD Rhapsody單細胞系統(tǒng),以最大限度地提高細胞活力和產(chǎn)量。


二、在Aβ淀粉樣變小鼠模型中,Abi3基因位點缺失加重阿爾茨海默病的神經(jīng)的病理特征
 
最近,在大規(guī)模的人類遺傳學研究中,發(fā)現(xiàn)了與阿爾茨海默病(AD)風險增加有關(guān)的ABI3基因的罕見編碼變異。然而,ABI3參與AD發(fā)病機制的途徑尚不清楚。為了解決這個問題,我們確定了ABI3功能的喪失是否會影響5XFAD小鼠模型中AD的病理特征。我們證明,Abi3位點的缺失顯著增加了淀粉樣蛋白(Aβ)的積累,并減少了斑塊周圍小膠質(zhì)細胞的聚集。此外,在5XFAD的Abi3敲除(Abi3- /-)小鼠中,長期增強作用受損。此外,我們使用單細胞RNA測序方法發(fā)現(xiàn)Abi3- /-小鼠中小膠質(zhì)細胞亞群的比例發(fā)生了顯著變化。機制研究表明,Abi3基因在小膠質(zhì)細胞中被敲除會損害細胞的遷移和吞噬功能。總之,我們的研究提供了體內(nèi)功能證據(jù),證明ABI3功能喪失可能通過影響Aβ積累和神經(jīng)炎癥增加AD發(fā)展的風險


三、神經(jīng)元研究: FGF21激素在大腦中起到抑制糖分攝入和調(diào)控甜味偏好的重要作用



 成纖維細胞生長因子21(Fibroblast growth factor 21,F(xiàn)GF21)是一種肝臟源激素,可向下丘腦腹內(nèi)側(cè)(ventromedial hypothalamus,VMH)的谷氨酸能神經(jīng)元發(fā)出信號,以抑制碳水化合物的攝入。在此項試驗中,來自愛荷華大學醫(yī)學院和丹麥哥本哈根大學的研究團隊充分利用了BD Rhapsody單細胞測序平臺,以合理評估哪些細胞能夠在下丘腦中表達FGF21的輔助受體KIb(β-klotho):首先通過BD FACS AriaII對小鼠下丘腦中的目標單細胞進行篩選,然后將篩選出的細胞加載到BD Rhapsody上捕獲單個細胞,并進行cDNA的合成。后續(xù),使用兩個定制引物panel生成cDNA文庫,該panel由BD設(shè)計,分別包含低豐度表達基因和高豐度表達基因。通過該方法以及BD Resolve analysis pipeline,研究人員對活細胞進行了有效的細胞排序、質(zhì)量過濾和測序數(shù)據(jù)注釋,最終獲得了1,904個分類后推定的Klb細胞。隨后,運用tSNE分析和無監(jiān)督聚類,確定了12個神經(jīng)元和非神經(jīng)元細胞類型的聚類。通過這一途徑,研究人員得以精確識別下丘腦中的FGF21靶細胞,并揭示了激活谷氨酸能神經(jīng)元的FGF21信號是介導FGF21誘導的糖抑制和甜味偏好的必要和充分條件。

文章同款技術(shù):BD Rhapsody單細胞平臺
BD Rhapsody平臺對于單細胞的捕獲是基于自然沉降原理,不會對神經(jīng)研究中的脆弱細胞造成額外損傷,無外界壓力刺激,同時平臺可以捕獲異型細胞,直徑<50um,對于細胞活性要求>50%


蛋白分析
一、《Nature》星形細胞白細胞介素-3編程小膠質(zhì)細胞并限制阿爾茨海默病
哈佛醫(yī)學院研究團隊在人類和小鼠中發(fā)現(xiàn),星形膠質(zhì)細胞來源的白細胞介素-3(IL-3)對小膠質(zhì)細胞進行編程以改善AD的病理學。在識別出Aβ沉積后,小膠質(zhì)細胞增加其IL-3Rα的表達——IL-3的特異性受體(也稱為CD123)——使其對IL-3產(chǎn)生反應。星形膠質(zhì)細胞組成性地產(chǎn)生IL-3,其誘導小膠質(zhì)細胞的轉(zhuǎn)錄、形態(tài)和功能編程,從而賦予它們急性免疫反應程序、增強的運動性以及聚集和清除Aβ和tau聚集體的能力。這些變化限制了AD的病理學和認知能力的下降。
 
通過MSD多陣列電化學發(fā)光分析試劑盒同時測量培養(yǎng)基中Aβ38、Aβ40和Aβ42的水平,并檢測10種人趨化因子的相對表達,研究發(fā)現(xiàn)IL-3是星形膠質(zhì)細胞-小膠質(zhì)細胞相互作用的關(guān)鍵介質(zhì),也是AD治療干預的一個節(jié)點。

二、神經(jīng)重磅標志物:GFAP
GFAP是膠質(zhì)纖維酸性蛋白(glial fibrillary acidic protein)的英文簡稱,是星形膠質(zhì)細胞活化的標志物。膠質(zhì)纖維酸性蛋白。神經(jīng)膠質(zhì)纖維酸性蛋白(GFAP)是一種Ⅲ型中間絲狀蛋白,以單體形式存在。星形膠質(zhì)細胞增生往往伴隨膠質(zhì)纖維酸性蛋白GFAP的表達增加。因此,GFAP可作為中樞神經(jīng)系統(tǒng)損傷時星形膠質(zhì)細胞增生的生物標志物。最近,對血液中GFAP濃度的分析已經(jīng)證明,血漿GFAP可區(qū)分阿爾茲海默癥不同階段。


文章同款技術(shù):
MSD是第三代免疫分析技術(shù),基于電化學發(fā)光的原理,只需要25uL樣本即可一次性檢測10個指標,具有fg/mL的檢測靈敏度,比pg/mL靈敏度提高1000倍,4-5log檢測范圍,在神經(jīng)疾病研究中,尤其對于腦脊液等珍貴樣本,可以實現(xiàn)25uL樣本同時檢測Aβ38、Aβ40和Aβ42。
pTau181檢測,檢測范圍可達77 - 990,000 fg/mL
Tau (total)檢測靈敏度可達12 - 90,000 fg/mL
GFAP檢測范圍可達330 - 2,300,000 fg/mL


組織分析
一、對于小膠質(zhì)細胞激活檢測
暴露于神經(jīng)毒性藥物會導致炎癥反應,如激活的小膠質(zhì)細胞。檢測活化的小膠質(zhì)細胞對于了解化合物的毒性是至關(guān)重要的。HALO Microglial Activation可檢測小膠質(zhì)細胞、細胞體及其過程,并最終報告激活的小膠質(zhì)細胞數(shù)量、失活的小膠質(zhì)細胞的數(shù)量以及檢測到的陰性(非小膠質(zhì))細胞的數(shù)量。
 

HALO 定量分析小膠質(zhì)細胞的激活狀態(tài)。(左:小膠質(zhì)細胞-棕色;右:激活小膠質(zhì)細胞的細胞體-紅色,未激活或休眠的小膠質(zhì)細胞-綠色)


文章同款技術(shù):
HALO是專業(yè)的病理圖像處理及分析軟件,具有簡單易用的操作界面,快速的分析速度及高通量的工作流程,為數(shù)字病理的全組織切片分析提供逐個細胞/對象的精準數(shù)據(jù)結(jié)果。針對H&E、免疫組織化學、免疫熒光、原位雜交、熒光原位雜交、TMA 組織芯片以及特殊染色等數(shù)字病理切片,HALO數(shù)字病理圖像分析平臺提供組織分型、區(qū)域面積定量、細胞(胞核/膜/漿免疫標記物標記)定量、細胞及組織特征的空間分布分析。


細胞層面
Lonza核轉(zhuǎn)染技術(shù)
 
電轉(zhuǎn)通常需要細胞處于懸浮狀態(tài)進行轉(zhuǎn)染。Lonza 4D NucleofectorTM Y 模塊為客戶提供了更多的選擇,直接在細胞貼壁狀態(tài)下進行電轉(zhuǎn)。尤其適用于原代培養(yǎng)神經(jīng)元,可以用Y模塊轉(zhuǎn)染而不影響其功能,效率高達70%

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