膜清洗頻率與預處理措施的完善程度是緊密相關的。預處理越完善，清洗間隔越長;反之，預處理越簡單，清洗頻率越高。一般膜清洗是遵循“10%法則"—— 當校正過的淡水流量與 初200h運行（壓緊發生之后）的流量相比，降低了10%和（或）觀察到壓差上升了10%～20%就需進行清洗。盡可能在脫鹽率下降顯示出來以前采取措施。正規安排的保護性維護清洗不足以保護反滲透系統，譬如，由于預處理設備運行不正常，進水條件在短時間內就會發生變化。
反沖洗對于防止大顆粒對某些型式反滲透膜件的堵塞是有效的。但不是所有的污染都可能通過簡單的反沖洗就能清除掉，還需要有周期洗化學清洗。化學清洗除需增加藥劑和人工費用外，還有污染問題，所以也不可過于頻繁，每月不應超過1～2次，每次清洗時間約1～2h。
化學清洗系統通常包括一臺化學混合箱和與值相配的計量泵、混合器、加熱器等。化學清洗常是根據運行經驗來決定（可以根據每列設備壓降讀數與運行時間的關系曲線，或是依據產水量、淡水水質和膜的壓降等）。
化學清洗所用的藥劑和方法，需根據污染源來決定。下表可供參考，但更應重視積累和應用本單位的經驗。為了保證效果，在化學清洗前要進行沖洗。沖洗前先降壓，再用2～3倍正常流速的進水沖洗膜，靠流體的攪動作用將污物從膜面剝離并沖走。然后針對污染特征，選擇清洗液對膜進行化學清洗。為了保護反滲透膜件，液溫不超過35℃.
系統若停用5天以上，做好用甲醛沖洗后再投用。如果系統停用兩周或更長一些時間，需要0.25%甲醛浸泡，以防微生物在膜中生長。化學藥劑 后每周更換一次。
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