一、如何進行工作前的自凈和消毒？
（1）在工作前要讓生物安全柜的風機至少運行3-5分鐘，使柜內的空氣實現自凈。
（2）安全柜的工作臺面、內壁（不包括送風濾器擴散板）和觀察窗的內表面用消毒劑擦拭。消毒后再用無菌蒸餾水進行擦拭以清除殘余消毒劑。
（3）放到安全柜的容器和材料的表面使用70%乙醇擦拭，以減少將環境的雜菌帶到安全柜內。
（4）定期對孵箱和冰箱進行消毒。
二、如何對工作結束時的表面消毒？
工作完成時，所有的容器和設備應該進行表面消毒并拿出安全柜。在每天工作結束時，應該對安全柜進行后的表面消毒，包括工作臺面、安全柜的邊壁、后壁和觀察窗玻璃內部的擦拭。如果必要，安全柜也應進行放射性檢測并進行必要的消毒。作為安全的微生物學操作的后步驟，操作者應該摘下手套、脫下工作服并且洗手。
三、發生少量噴灑時的如何消毒？
在生物安全柜內發生少量的噴灑時，應用污吸濕材料立即進行處理，并將使用過的紙巾放到生物危害包里。對安全柜內的所有物品和安全柜內部，用浸滿消毒液的毛巾立即進行擦拭消毒。
四、發生大量溢出時的如何消毒？
當發生大量的溢出時，液體會通過前面或后部的格柵流到下面去，這時要求更廣泛的消毒。安全柜內的所有的物品應該進行表面消毒并拿出安全柜。使消毒液維持30分鐘的適當接觸時間。如果溢出的液體含有放射性材料，可采取類似的程序。并應該與輻射安全人員，尋求特殊的指導。