1.制備含MMP底物蛋白的SDS-PAGE凝膠：推薦分離膠濃度為8%。按照標準程序制備SDSPAGE凝膠。將10×substrateG融化，并90ºC加熱5分鐘。分別在濃縮膠和分離膠中額外加入10×substrateG并使之稀釋10倍，混勻后加入過硫酸銨和TEMED，等待凝膠聚合。
2.待測樣品1:1稀釋于2×SDS-PAGEnon-reducingbuffer（用完后可自行配制：4%SDS,100mMTris-ClpH6.8,20%glycerol,0.02%bromophnolblue），混合后直接上樣。切勿加熱變性，并且僅使用不加還原劑的上樣緩沖液。可通過預試驗確定加樣量，使用普通蛋白預染Marker即可。陽性對照（可選步驟）：可取人、小鼠、大鼠或兔100μl全血與100μl2×SDS-PAGEnonreducingbuffer等體積混合，取5-15μl上樣。
3.低電流恒流電泳，每一塊小膠電流為20mA/gel。溴酚藍跑出凝膠前沿時結束電泳。
4.洗滌凝膠：取出凝膠，去除濃縮膠，放入容器內。可先用適量蒸餾水沖洗凝膠，然后加入10ml1×BufferA（用蒸餾水稀釋），室溫漂洗凝膠2×30分鐘。中間換液。
5.孵育：倒掉BufferA。加入10ml1×BufferB（蒸餾水稀釋），室溫或37ºC孵育1~5小時。陽性對照或者血中的MMP通常37ºC孵育1小時即可顯示。如MMP活性低，應延長孵育時間為10小時或過夜。
6.顯色：倒掉BufferB，加入SDS-PAGE凝膠蛋白質考馬斯亮藍染色液（操作步驟見SDS-PAGE凝膠蛋白質考馬斯亮藍染色液說明書）。凝膠的大部分區域被深染，在有MMP條帶的位置不被染色而形成透亮區域。透明區域的位置和范圍指示MMP-2、MMP-9的大小位置（酶譜）及活性。陽性對照將在66~72（MMP-2）、92（MMP-9）、130（proMMP-9）、225（proMMP-9）kDa
位置出現透明條帶。
7.條帶掃描：將凝膠放在掃描儀上掃描。雖然MMP條帶透明，但凝膠背景并非真正全黑。解決辦法：可用非透射光掃描，或用軟件圖像處理程序調整背景顯示為灰度顯示，并盡量設置為黑色。MMP條帶則為白色，這種背景黑條帶白的格式是英文論文中zui常見的格式。
