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隨著分子檢測的不斷發展,甲基化qPCR檢測以及甲基化NGS檢測已成為非常普及的檢測技術,這兩種技術的必經之路就是甲基化轉化,甲基化轉化從方法學上可分為亞硫酸氫鹽轉化和酶法轉化,近幾年,基于DNA甲基化位點的檢測試劑盒陸續獲批面世。NMPA批準的甲基化檢測試劑盒大部分為熒光PCR法,主要原因在于熒光PCR法操作簡便,無需在PCR后電泳,且具有靈敏度高、特異性強、重復性好等特點。這些甲基化檢測試劑采用的轉化方法為亞硫酸氫鹽轉化法,亞硫酸氫鹽轉化成為DNA甲基化檢測的“金標準"。但是傳統的亞硫酸氫鹽轉化有很多局限性,例如過長的轉化時間、嚴重的DNA損傷、被高估的5mC水平、C-U轉化不全等。
圖1.亞硫酸氫鹽催化C轉化為U的化學反應概要
甲基化檢測技術在疾病早篩領域持續火爆,2024-2025 年獲國家藥監局最新批準的甲基化檢測試劑盒如下:
思博士 ® MT-1A、Epo 及 Septin9 基因甲基化檢測試劑盒(PCR 熒光探針法)2:2024 年 8 月 7 日獲批(國械注準 20243401386),由博爾誠(北京)科技有限公司自主研發,是 NMPA 批準上市的食管癌血液基因甲基化檢測產品,可通過測定外周血中腫瘤 DNA 特定位點(MT-1A、Epo 及 Septin9 基因)的甲基化程度,僅需 5ml 外周血即可實現食管癌的高效精準檢出。
人 CDO1 和 CELF4 基因甲基化檢測試劑盒(PCR - 熒光探針法)10:2024 年 12 月 17 日獲批(國械注準 20243402610),由北京起源聚禾生物科技有限公司研發,用于體外定性檢測人宮頸脫落細胞 DNA 中 CDO1 和 CELF4 基因的甲基化水平。
艾思寧 ®——KCNA3 和 OTOP2 基因甲基化聯合檢測試劑盒(熒光 PCR 法):2025 年 1 月 21 日獲批(國械注準 20253400207),由武漢艾米森自主研發,基于實時熒光 PCR 技術,通過檢測血液 ctDNA 中的 OTOP2 和 KCNA3 基因甲基化程度實現對食管癌的早期檢測。
人 Twist1/Vimentin 基因甲基化檢測試劑盒(熒光 PCR 法):2025 年 1 月獲批(國械注準 20253400083),由江蘇為真生物醫藥技術股份有限公司研發,針對癌種為尿路上皮癌。
GNB4 和 Riplet 基因甲基化聯合檢測試劑盒(熒光 PCR 法):2025 年 1 月獲批(國械注準 20253400101),由武漢艾米森生命科技有限公司研發,針對癌種為肝癌。
人類 Septin9、SDC2 和 NDRG4 基因甲基化檢測試劑盒(熒光 PCR 法)6:2025 年 3 月 6 日獲批(國械注準 20253400481),由江蘇健為診斷科技有限公司研發,用于體外定性檢測人糞便樣本 DNA 中 Septin9、SDC2 和 NDRG4 基因的甲基化狀態,對判斷患者結直腸癌的發生風險進行輔助診斷。
人 CDO1/AJAP1/GALR1 基因甲基化檢測試劑盒(熒光 PCR 法)1:2025 年獲批,由武漢凱德維斯生物技術有限公司研發,對人宮腔脫落細胞樣本中基因甲基化狀態進行定性檢測,用于疑似子宮內膜癌患者的輔助診斷。
2024年1月2日,芝加哥大學何川教授團隊在Nature Biotechnology上在線發表了題為Ultrafast bisulfite sequencing detection of 5?methylcytosine in DNA and RNA的研究論文,該研究提出并開發了對DNA和RNA上的5-甲基胞嘧啶修飾進行快速,準確檢測的測序方法,簡稱為UBS-seq。該技術比現有的轉化反應過程加速20-30倍,同時明顯的降低了DNA損傷,以及C-U轉化不che底導致的背景干擾。
圖2.UBS-seq法在微量樣本中應用,傳統BS轉化相比有更低的背景噪音
傳統BS轉化的不足之處和Superfast BS-seq的優勢有哪些呢?
傳統BS-seq:
轉化液濃度低,反應時間長,約3 h;
在高 GC DNA 區域轉化不充分;
DNA降解嚴重;
非甲基化區域優先降解。
Superfast BS-seq
轉化液濃度高,轉化時間短,約5min;
DNA降解程度低,轉化后樣本完整度好;
GC區域轉化率高,假陽性率低。
翌圣生物的Hieff® Superfast DNA Methylation Bisulfite Kit(柱式:12225ES)和Hieff® Mag Superfast DNA Methylation Bisulfite Kit(磁珠法:12227ES)便是基于此技術開發優化而成,可以在98°C 5min條件下可完成>99.5%的胞嘧啶轉化,并且極大的降低了DNA損傷,更好的保證了DNA片段的完整性,約30 min可完成BS轉化全流程,轉化后的產物適用于PCR擴增和DNA測序等下游應用。
實驗流程
圖3.Superfast BS轉化實驗流程
產品亮點
產品亮點一:
優異的轉化率
投入不用量的293gDNA,293gDNA參入0.5% λ DNA,使用12227(磁珠法)與競品1轉化試劑盒進行頭對頭對比,同時采用雙鏈甲基化DNA建庫(12214ES),如圖4所示:12227(磁珠法)對不同投入量的DNA中 λ DNA C的轉化率≥99.5%,轉化時間適當延長,能進一步提高轉化效率。
圖4.12227和競品的轉化率
產品亮點二:優異的樣本兼容率
10 ng cf DNA和50 ng FFPE DNA,cf DNA和FFPE DNA都參入0.5% λ DNA,使用12227(磁珠法)與競品1轉化試劑盒進行頭對頭對比,同時采用雙鏈甲基化DNA建庫(12214ES),如圖5所示:12227(磁珠法)對不同樣本中 λ DNA C的轉化率≥99.5%,轉化時間適當延長,能進一步提高轉化效率。
圖5
產品亮點三:
優異的回收率
投入不同量的293 DNA,使用12225和12227與競品1轉化試劑盒進行頭對頭對比,轉化后采用Qubit ssDNA定量,計算回收率,如圖6所示:12225的樣本回收率能穩定達到60%以上,并且當樣本量大于200 ng,回收率能超過70%,磁珠法轉化試劑在高投入量下,回收率略低于柱式法,1 μg以內,磁珠法的回收率能達到60%。
圖6.競品1為磁珠法
產品亮點四:適用于單細胞甲基化建庫
在微流控的自動化單細胞DNA甲基化平臺上,進行單細胞甲基化轉化實驗,樣本中單細胞DNA轉化率在99%左右。
產品推薦
產品名稱 | 產品貨號 |
Hieff® Superfast DNA Methylation Bisulfite Kit超快速DNA亞硫酸氫鹽轉化試劑盒(柱式) | 12225ES |
Hieff® Mag Superfast DNA Methylation Bisulfite Kit超快速DNA亞硫酸氫鹽轉化試劑盒(磁珠法) | 12227ES |
翌圣DNA甲基化解決方案