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超全RNase抑制劑——預(yù)防RNase污染的關(guān)鍵原料!

2024-10-10  閱讀(330)

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01
無處不在的RNase污染

RNase(Ribonuclease,核糖核酸酶)是一類能夠催化RNA降解為小分子RNA的核酸內(nèi)切酶,主要切斷核苷酸之間的磷酸二酯鍵,是生物的一種防御機制,相比于外源性的DNA,外源性的RNA侵入細胞后會參與轉(zhuǎn)錄和翻譯,往往更加危險。所以幾乎所有的生物都進化出了RNase,用來防御外源性RNA的入侵。因此,RNase廣泛存在于真核、原核生物的所有細胞和組織中,除此之外,環(huán)境和許多生物材料都帶有RNase,像實驗用水與緩沖液、槍頭與離心管、酶及其他相關(guān)試劑和耗材等;實驗大環(huán)境的污染,如空氣、灰塵和大多數(shù)物體的表面;實驗人員的毛發(fā)、皮膚碎屑、汗液和唾液等。

 

RNase分子非常穩(wěn)定,結(jié)構(gòu)中存在二硫鍵,其活性不需要二價陽離子存在,因此RNase不容易變性,即使高溫或使用變性劑后也容易發(fā)生復(fù)性。

 

RNase的無處不在,并且穩(wěn)定性強,耐熱、耐酸、耐堿,使得RNA相關(guān)研究過程中,RNA樣本中微量的RNase污染也足以讓其降解,導(dǎo)致實驗失敗或影響RNA分析的結(jié)果。

 

 

02
RNase抑制劑有效防止RNase污染

RNase分為內(nèi)源性和外源性,其中內(nèi)源性RNase在細胞破裂時可同時釋放出來,因此消除內(nèi)源性RNase的作用是RNA提取過程中非常關(guān)鍵的一個步驟。外源性RNase分布則非常廣泛,空氣、人的皮膚、頭發(fā)和唾液、實驗用水、耗材、原料酶等試劑中都存在RNase,是造成RNA容易降解的重要原因。因此,從源頭上避免RNase污染十分必要,一方面要嚴格控制外源性RNase的污染,另一方面要最大限度地抑制內(nèi)源性的RNase。

圖1. RNase及抑制劑分類

 

常見的RNase抑制劑有焦碳酸二乙酯(DEPC)、異硫氰酸胍、氧釩核糖核苷復(fù)合物(RVC)和RNase的蛋白質(zhì)抑制劑(RNasin)。其中,DEPC和異硫氰酸胍具有一定的毒性,RVC對PCR聚合酶有抑制作用,不利于展開后續(xù)的實驗。RNase的蛋白質(zhì)抑制劑能夠特異地與RNase以非共價鍵結(jié)合形成復(fù)合體,造成RNase失活,因不具有毒性,不影響后續(xù)PCR實驗等優(yōu)勢,常被用來減少RNase的污染。目前,RNasin主要用于cDNA合成,體外轉(zhuǎn)錄,體外翻譯,以及mRNA-protein復(fù)合物分離純化等過程中保護RNA不被降解,還可用于特定RNase活性的鑒定等。

 

 

03
翌圣生物預(yù)防RNase污染的解決方案

翌圣生物以可溶形式在大腸桿菌中表達純化的重組鼠源/豬源RNase抑制劑,能夠廣泛抑制各種類型RNase(RNase A, B, C),并且該抑制劑不會抑制聚合酶的活性,如:TaqDNA聚合酶、AMV或M-MuLV反轉(zhuǎn)錄酶或噬菌體RNA聚合酶(SP6、T7或T3),已驗證可廣泛應(yīng)用于RT-PCR/qPCR、RNA-seq、cDNA克隆和文庫構(gòu)建等多個應(yīng)用場景。

 

此外,除了常規(guī)RNase抑制劑,翌圣生物還開發(fā)了經(jīng)過UCF.ME®超低殘留工藝處理,宿主殘留更低,適合對背景菌要求更為嚴格的應(yīng)用場景的RNase抑制劑,助力解決病原檢測中的背景菌干擾,提高檢測準確度。

 

 

04
產(chǎn)品性能
01

無核酸外切酶、切口酶及RNase殘留

圖2. Murine RNase Inhibitor核酸外切酶、切口酶殘留及RNase殘留檢測

 

注:N代表陰性對照;1、2、3為3組平行實驗。

 

02

E.coli基因組DNA殘留< 0.1 copies/100 U,顯著低于常規(guī)版本

對不同批次的UCF.ME® Murine RNase Inhibitor進行宿主(E.coli)基因組DNA殘留檢測,并與常規(guī)Murine RNase inhibitor的宿主殘留水平對比,結(jié)果顯示UCF.ME® Murine RNase Inhibitor宿主基因組DNA殘留低于0.1 copies/100 U,顯著低于常規(guī)版本。

 

圖3.UCF.ME® MRI與常規(guī)版MRI中E.coli基因組殘留檢測結(jié)果對比

 

03

8U/T投入量能有效抑制70ng RNase A

以Total RNA為模板,配制RT-qPCR反應(yīng)體系,驗證UCF.ME® Murine RNase Inhibitor (Cat#14672ES)消化RNaseA能力,結(jié)果表明UCF.ME® Murine RNase Inhibitor (Cat#14672ES)能有效抑制RNase A,且相較市面上同類產(chǎn)品抑制能力更有優(yōu)勢。

 

圖4.UCF.ME® Murine RNase Inhibitor (Cat#14672ES)對RNase抑制能力驗證

 

04

兼容NGS應(yīng)用體系:建庫產(chǎn)量及宿主DNA殘留優(yōu)于進口品牌

UCF.ME® Swine RNase Inhibitor (Cat#14675ES)搭配翌圣全能型逆轉(zhuǎn)錄酶Hifair® Ultra Reverse Transcriptase (200 U/μL) (Cat#14604ES)應(yīng)用于RNA建庫,建庫產(chǎn)量高于進口品牌,測序數(shù)據(jù)質(zhì)量相當且宿主DNA殘留更低。

 

圖5. 14675ES搭配14604ES應(yīng)用于RNA-seq建庫產(chǎn)量

 

圖6. 14675ES搭配14604ES應(yīng)用于RNA-seq測序質(zhì)量

 

 

05
產(chǎn)品選擇

產(chǎn)品定位

產(chǎn)品名稱

產(chǎn)品貨號

鼠源RNase抑制劑

Murine RNase inhibitor (40 U/μL)

10603ES

Murine RNase Inhibitor (200 U/µL)

10610ES

Murine RNase Inhibitor (300 U/µL)

14671ES

低殘留鼠源RNase抑制劑

UCF.ME® Murine RNase Inhibitor (40 U/μL)

14672ES

UCF.ME® Murine RNase Inhibitor (200 U/μL)

14673ES

UCF.ME® Murine RNase Inhibitor (300 U/μL)

14674ES

低殘留豬源RNase抑制劑

UCF.ME® Swine RNase Inhibitor (40 U/μL)

14675ES

無甘油版RNase抑制劑

Murine RNase Inhibitor(40 U/µL,Glycerol-free)

10701ES

Murine RNase Inhibitor (200 U/μL, Glycerol-free)

10703ES



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