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干貨│從原理到應(yīng)用,帶你全方面了解T4 gene 32 protein

2023-9-12  閱讀(325)

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T4噬菌體基因32編碼蛋白(T4 gene 32 protein,gp32)是一種單鏈DNA(ssDNA)結(jié)合蛋白,為T4噬菌體DNA復(fù)制和修復(fù)所必需。它被廣泛地用于穩(wěn)定和標記ssDNA區(qū)域,以便用電子顯微鏡觀察細胞內(nèi)DNA的結(jié)構(gòu)、促進限制性內(nèi)切酶的消化反應(yīng)、提高RT-PCR中反轉(zhuǎn)錄的效率、增強T4 DNA聚合酶的活性和提高PCR的產(chǎn)量等。


 

 

T4 gene 32 protein的結(jié)構(gòu)
T4 gene 32 protein由301個氨基酸組成,大小為34 kDa,包含三個不同的結(jié)構(gòu)域:核心結(jié)構(gòu)域、N端結(jié)構(gòu)域(NTD)和C端結(jié)構(gòu)域(CTD)。
  • 核心結(jié)構(gòu)域:包含ssDNA的結(jié)合位點,并具區(qū)分單鏈、雙鏈DNA的能力;

  • C端結(jié)構(gòu)域(CTD):涉及異型蛋白相互作用,帶負電荷,調(diào)節(jié)gp32與復(fù)制、修復(fù)和重組機制中其他成分的相互作用;

  • N端結(jié)構(gòu)域(NTD):負責同型蛋白相互作用,帶正電荷,與鄰近的gp32單體的核心結(jié)構(gòu)域之間通過蛋白-蛋白接觸,使gp32蛋白以頭-尾方向結(jié)合ssDNA。

 

圖1. gp32結(jié)構(gòu)域[1]

 

 

T4 gene 32 protein介導(dǎo)的DNA重組修復(fù)
A.
DNA損傷時,后隨鏈合成岡崎片段,gp32與前導(dǎo)鏈結(jié)合

當前導(dǎo)鏈聚合酶(紅色)在DNA損傷處(X)停滯時,前導(dǎo)鏈和后隨鏈的合成會解耦聯(lián),后隨鏈的合成機制可以合成與受損部位重疊的岡崎片段(綠線),同時會在停滯的前導(dǎo)鏈聚合酶前面打開一個ssDNA缺口,該缺口被gp32覆蓋(橙色);

B.

模板子鏈3 '端解旋

gp32單體簇通過阻止Dda解旋酶加載到后隨鏈上來阻止其對復(fù)制叉移動的刺激,并促進模板子鏈3 '端的解旋;

C.

模板轉(zhuǎn)換恢復(fù)復(fù)制叉移動

UvsX重組酶和Dda解旋酶催化模板轉(zhuǎn)換來恢復(fù)停滯的復(fù)制叉;

D.

跨損傷DNA合成

進行后續(xù)無錯誤的跨損傷DNA合成。

 

圖2. gp32介導(dǎo)的重組修復(fù)過程[2]

 

 

T4 gene 32 protein應(yīng)用
01
重組酶聚合酶擴增
 
 
(Recombinase Polymerase Amplification,RPA)
該技術(shù)可以在37~42 ℃條件下實現(xiàn)待測靶標的快速檢測,具有反應(yīng)靈敏度高、特異性強、對儀器依賴程度低且可整合多種檢測模式等優(yōu)點,特別適用于基層和現(xiàn)場即時檢測,可廣泛應(yīng)用于體外診斷、獸醫(yī)、食品安全、生物安全、農(nóng)業(yè)等領(lǐng)域。

 

圖3. 重組酶聚合酶擴增RPA技術(shù)擴增原理圖[3]

 

RPA具體流程如下:

 
01
 
重組酶引物復(fù)合體的形成

重組酶T4 UvsX在ATP的參與和定位因子(T4 UvsY)的幫助下與擴增引物結(jié)合形成重組酶引物復(fù)合體,并在雙鏈DNA中尋找同源序列;

02
 
重組酶引物復(fù)合體定位至同源序列

重組酶引物復(fù)合體一旦定位到同源序列,則會插入雙鏈DNA形成D-環(huán)結(jié)構(gòu),啟動鏈置換反應(yīng),單鏈結(jié)合蛋白gp32會與解開的DNA鏈結(jié)合防止進一步被置換;

03
 
鏈置換擴增啟動

重組酶T4 UvsX從重組酶引物復(fù)合體中被水解,3'端引物暴露并與Bsu DNA聚合酶結(jié)合,DNA開始復(fù)制延伸,最終兩條母鏈分離,形成兩條新的互補雙鏈DNA。該反應(yīng)在37-42℃下進行,可在30 min內(nèi)實現(xiàn)目標序列1012倍的擴增。

 

02
核酸依賴性擴增檢測技術(shù)
 
 
(Nucleic Acid Sequence-Based Amplification,NASBA)
該技術(shù)由一對引物介導(dǎo),反應(yīng)在42℃進行,可在2 h左右將模板RNA擴增約109~1012倍,不需特殊的儀器,具有較高的特異性和靈敏度。廣泛應(yīng)用于病毒、細菌、霉菌、寄生蟲和細胞因子等的檢測,特別是用于艾滋病病毒、丙肝肝炎病毒等RNA病毒的檢測當中。在動物疫病預(yù)防控制方面,NASBA方法已成為診斷病毒的國家診斷標準方法之一(GB/T19440-2004 病毒NASBA 檢測方法)。

 

圖4. NASBA工作流程圖[4]

 

在NASBA中加入gp32,可以穩(wěn)定逆轉(zhuǎn)錄形成的單鏈cDNA,減少NASBA中對熱退火步驟的依賴,提高NASBA程序的簡單性。

 

03
其他應(yīng)用
 
 
1)PCR擴增中,使用gp32可以顯著地提高片段的擴增長度及產(chǎn)量[5],并減輕血紅素、腐殖酸等抑制物的對PCR擴增的抑制作用[6]。如圖5所示,將濃度的抑制劑加入含有5 pg模板DNA的反應(yīng)混合物中,另外在不添加抑制劑的情況下,檢測0.05、0.5和5 pg模板DNA的擴增情況。結(jié)果顯示在PCR體系種添加gp32可顯著減輕抑制劑對PCR擴增的抑制。

 

圖5. T4 gene 32 protein解除抑制劑對PCR的干擾[6]。A:不含gp32的標準PCR條件;B:含有150 ng/mL gp32的PCR條件

 

2)Gp32通過阻止模板ssDNA和RNA二級結(jié)構(gòu)的形成,分別增強T7 RNA聚合酶和逆轉(zhuǎn)錄酶的活性,從而增加體外轉(zhuǎn)錄逆轉(zhuǎn)錄的產(chǎn)量[7]

 

 

翌圣T4 gene 32 protein
翌圣的T4 gene 32 protein由ZymeEditor酶改造平臺重組表達而來,蛋白純度高,核酸酶殘留水平低,批次間穩(wěn)定性優(yōu)異,宿主DNA殘留水平極低,適用于RPA、NASBA技術(shù)、PCR、NGS文庫構(gòu)建等應(yīng)用。

 

 

客戶測試案例展示

圖5.客戶測試翌圣重組酶聚合酶核心酶原料擴增結(jié)果圖
注:2、4為陽性實驗組;1、3為陰性對照組

 

客戶采用翌圣Bsu DNA polymerase (Large fragment, 5 U/μL)、T4 UvsX Recombinase (2 μg/μL)、T4 UvsY protein (2 μg/μL)、T4 gene 32 protein (gp 32)、肌酸激酶Creatine Kinase (2 μg/μL) 進行RPA擴增反應(yīng),得到正確的目的條帶,且條帶清晰、明亮,結(jié)果表明,翌圣重組酶聚合酶擴增核心酶原料可實現(xiàn)高效RPA等溫擴增。

 

 

RPA產(chǎn)品推薦

產(chǎn)品名稱

產(chǎn)品貨號

產(chǎn)品作用

Bsu DNA polymerase (Large fragment, 5 U/μL)

11078ES

結(jié)合引物與原始靶核酸序列互補合成新的DNA模板

T4 UvsX Recombinase (2 μg/μL)

11079ES

具有配對和鏈轉(zhuǎn)移活性的重組酶

T4 UvsY protein (2 μg/μL)

11080ES

重組酶輔助因子,刺激T4 UvsX的單鏈DNA依賴性ATP酶活性并降低活性所需的T4 UvsX臨界濃度

T4 gene 32 protein (gp 32) T4噬菌體基因32編碼蛋白

11081ES

參與DNA復(fù)制、修復(fù)、重組與解鏈后的單鏈DNA結(jié)合,防止自雜交

Creatine Kinase (2 μg/μL) 肌酸激酶

14502ES

刺激ATP和肌酸分解為磷酸肌酸和ADP,釋放能量

Exonuclease III (100 U/μL)

14525ES

具有3’→5’外切酶活性,切斷熒光探針中淬滅基團,釋放熒光

參考文獻
[1] Cashen BA, Morse M, Rouzina I, Karpel RL, Williams MC. Dynamic structure of T4 gene 32 protein filaments facilitates rapid noncooperative protein dissociation [published online ahead of print, 2023 Jul 14]. Nucleic Acids Res. 2023;gkad595.
[2] Jordan CS, Morrical SW. Regulation of the bacteriophage T4 Dda helicase by Gp32 single-stranded DNA-binding protein. DNA Repair (Amst). 2015;25:41-53.
[3] 王亞楠, 陳昌國. 重組酶聚合酶擴增技術(shù)研究進展[J]. 醫(yī)學(xué)雜志, 2021, 46(5):8.
[4] Nai YH, Doeven EH, Guijt RM. An improved nucleic acid sequence-based amplification method mediated by T4 gene 32 protein. PLoS One. 2022;17(3):e0265391. Published 2022 Mar 24.
[5] Schwarz K, Hansen-Hagge T, Bartram C. Improved yields of long PCR products using gene 32 protein. Nucleic Acids Res. 1990;18(4):1079.
[6] Kreader CA. Relief of amplification inhibition in PCR with bovine serum albumin or T4 gene 32 protein. Appl Environ Microbiol. 1996;62(3):1102-1106.
[7] Piché C, Schernthaner JP. Optimization of in vitro transcription and full-length cDNA synthesis using the T4 bacteriophage gene 32 protein. J Biomol Tech. 2005;16(3):239-247.



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