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Nanobody-Tn5,賦予CUT&Tag不一樣的體驗

2023-8-1  閱讀(278)

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CUT&Tag技術,作為研究蛋白質-DNA互作的新興技術,從問世之初,就一直備受關注。
Nanobody(納米抗體)在藥物抗體研究中的風很大,在醫藥領域備受青睞。那納米抗體怎么就與CUT&Tag關聯上了呢?

 

 
 
 

2022年12月Gon?alo Castelo-Branco課題組和美國紐約基因組中心Ivan Raimondi團隊同期在Nature Biotechnology上發表了關于nanobody-Tn5的文章。

Nanobody-Tn5主要是將納米抗體與Tn5轉座酶進行融合,制備出可結合兩種不同物種(小鼠和兔)一抗的anti-mouse Tn5和anti-rabbit Tn5。這兩種nanobody-Tn5中包埋了含不同index的接頭序列,Tn5切割染色質時,接頭插入到染色質中,通過不同的index來區分來源于mouse的一抗靶向區域還是來源于rabbit一抗靶向的區域。關于這兩篇文章,Nature Biotechnology雜志也給出了回應:這兩篇論文的主要創新是在檢測中使用納米抗體,可以測量單個細胞中兩種或更多組蛋白修飾的全基因組存在,以及細胞表面蛋白表達(NTT-seq)或染色質可及性(Nano-CT)。這種方法使我們能夠在更高的水平上以高靈敏度和準確性觀察復雜的單個細胞表觀基因組研究。

 
 
 
2023年3月,翌圣生物Multi-CUT&Tag試劑盒(CUT&Tag2for1照進現實,Multi-CUT&Tag試劑盒),產學研合作,推出了利用nanobody-Tn5(anti-rabbit tn5和anti-mouse tn5)組成的Multi-CUT&Tag標準化試劑盒,實現了一份樣本,兩種靶標的標準操作。
 

 

關于這個利用nanobody-Tn5(anti-rabbit tn5和anti-mouse tn5)組成的Multi-CUT&Tag標準化試劑盒的性能大家也很期待吧,來,我們上一波數據吧!

 

 

01
H3K4me1
將H3K4me1使用常規的CUT&Tag試劑盒以及使用nanobody-Tn5的試劑盒進行單靶標和多靶標建庫并上機測序,結果如下:

 

圖.H3K4me1使用常規CUT&Tag試劑盒和Multi-CUT&Tag試劑盒結果圖

 

使用常規CUT&Tag試劑盒以及Multi-CUT&Tag試劑盒做單靶標時,結果差異不大,在某些位點上,Multi-CUT&Tag信號更明顯。Multi-CUT&Tag做雙靶標實驗時,聯合其他抗體(K3K27ac、H3K4me3、H3K36me3)均能拆分并且分析結果與單靶標結果一致。

 

02
H3K4me3

將H3K4me3使用常規的CUT&Tag試劑盒以及使用nanobody-Tn5的試劑盒進行單靶標和多靶標建庫并上機測序,結果如下:

 

圖:H3K4me3使用常規CUT&Tag試劑盒和Multi-CUT&Tag試劑盒結果圖

 

使用常規CUT&Tag試劑盒以及Multi-CUT&Tag試劑盒做單靶標時,結果差異不大。Multi-CUT&Tag做雙靶標實驗時,聯合其他抗體(K3K27me3、H3K4me1、H3K9me3、H3K9ac)均能拆分并且分析結果與單靶標結果一致。

 

03
H3K9me3

將H3K9me3使用常規的CUT&Tag試劑盒以及使用nanobody-Tn5的試劑盒進行單靶標和多靶標建庫并上機測序,結果如下:

 

圖.H3K9me3使用常規CUT&Tag試劑盒和Multi-CUT&Tag試劑盒結果圖

 

使用常規CUT&Tag試劑盒以及Multi-CUT&Tag試劑盒做單靶標時,結果差異不大,在某些位點上,Multi-CUT&Tag信號更明顯。Multi-CUT&Tag做雙靶標實驗時,聯合其他抗體(K3K27ac、H3K4me3、H3K36me3)均能拆分并且分析結果與單靶標結果一致。

 

04
H3K27ac

將H3K27ac使用常規的CUT&Tag試劑盒以及使用nanobody-Tn5的試劑盒進行單靶標和多靶標建庫并上機測序,結果如下:

 

圖.H3K27ac使用常規CUT&Tag試劑盒和Multi-CUT&Tag試劑盒結果圖

 

使用常規CUT&Tag試劑盒以及Multi-CUT&Tag試劑盒做單靶標時,結果差異不大,在某些位點上,Multi-CUT&Tag信號更明顯。Multi-CUT&Tag做雙靶標實驗時,聯合其他抗體(K3K27me3、H3K4me1、H3K9me3、H3K9ac)均能拆分并且分析結果與單靶標結果一致。

 

05
H3K27me3

將H3K27me3使用常規的CUT&Tag試劑盒以及使用nanobody-Tn5的試劑盒進行單靶標和多靶標建庫并上機測序,結果如下:

 

圖.H3K27me3使用常規CUT&Tag試劑盒和Multi-CUT&Tag試劑盒結果圖

 

使用常規CUT&Tag試劑盒以及Multi-CUT&Tag試劑盒做單靶標時,結果差異不大。Multi-CUT&Tag做雙靶標實驗時,聯合其他抗體(K3K27ac、H3K4me3、H3K27ac、H3K36me3)均能拆分并且分析結果與單靶標結果一致。

 

06
H3K9ac

將H3K9ac使用常規的CUT&Tag試劑盒以及使用nanobody-Tn5的試劑盒進行單靶標和多靶標建庫并上機測序,結果如下:

 

圖.H3K9ac使用常規CUT&Tag試劑盒和Multi-CUT&Tag試劑盒結果圖

 

使用常規CUT&Tag試劑盒以及Multi-CUT&Tag試劑盒做單靶標時,結果差異不大,在某些位點上,Multi-CUT&Tag信號更明顯。Multi-CUT&Tag做雙靶標實驗時,聯合其他抗體(K3K27ac、H3K4me3、H3K36me3)均能拆分并且分析結果與單靶標結果一致。

 

更多數據會陸續更新,敬請期待吧!

 

 

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