生物指標在線水質分析儀器的出現，改變了傳統在線水質分析儀器只能對水的物理和化學兩種指標進行實時監測的情況，使得更全面的水質安全快速綜合評價和水處理工藝過程的物理、化學、生物指標三維控制逐漸成為現實。
隨著生物科學技術的快速發展，加上水行業對水中以致病細菌、病毒及抗性基因等為代表的生物污染物的日益重視，新興的生物科學技術和傳統在線水質分析儀器技術在水質分析領域得以結合，在線藻類分析儀技術取得了突破，對生物指標進行實時在線監測得以實現，通過在線分析技術實時從物理、化學、生物3個維度檢測水質指標，全面描述水質狀況，對水質安全進行快速綜合評估，也使得水處理工藝過程多維度自動控制成為可能，在線水質分析儀器技術開始步入了“3D時代”。
生物技術的采用可以直接測量待測水樣中的生物組成成分和數量，如藻類濃度或者微生物含量等，也可以通過測量水中微生物的代謝產物等來獲得微生物活性的信息。到目前為止，前一種方式中比較重要的新產品有藻類在線分析儀、在線流式細胞儀等;后一種方式中有在線大腸桿菌分析儀、堿性磷酸酶(ALP)法細菌總數分析儀、三磷酸腺苷(ATP)在線分析儀等。
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