首先需要把透析袋夾子夾子剪成適當長度的小段，在大體積的碳酸氫鈉和1mmol/L EDTA中將其煮沸10分鐘。用蒸餾水*清洗透析袋夾子，放在 1mmol/L EDTA中將之煮沸10分鐘。冷卻后，存放于4度，必須確保它始終浸沒在溶液內。從此時起取用透析袋夾子是必須戴手套。用前在透析袋夾子內裝滿水然后排出，將之清洗干凈。裝完樣品后，用上浮夾子夾緊袋口，可在袋內放一玻璃珠，以使處于懸浮狀態，即可進行透析。為了加快透析速度，除多次更換透析液外，還可使用磁力攪拌器。透析的容器要大一些，可以使用大燒杯、大量筒和塑料桶。
更準確地說，截留分子量定義為溶質截留率至少為90%的分子量。但鑒于溶質的滲透性還取決于分子形狀、水合程度、離子電荷和極性，我們建議透析袋夾子截留溶質分子量百分之50-80、且大于允許通過成分分子量100倍的數值作為所選膜的截留分子量。這些預實驗必須包括兩種底物噬菌體，一個帶有已知的能夠被切割的底物序列，一個帶有已知的非底物序列。使用相同數量的底物分別與親和性結構域結合，之后加入要研究的蛋白酶進行酶切。
