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PCR產物克隆大致分為兩類，即平頭連接和粘頭連接。
平頭連接是將制備好的平頭載體和補平或削平的PCR 產物直接進行連接。載體可用EcoR V或Sma I切成平頭；PCR 產物純化后，可以在22℃用DNA聚合酶I作用30min（利用該酶所具有的3’→5’外切酶活性和5’→3’的聚合酶活性）。如果要求不高，PCR 產物也可不加處理。如果使用Stratagene公司的pfu DNA聚合酶或New England Biolabs公司的Vent DNA聚合酶，這兩種酶有5’→3’校對能力，擴增出來的PCR 產物已經是平頭，可以不作平端處理。平端連接的一個顯而易見的缺陷是連接效率低下，即使使用很高單位的連接酶，或在反應體系中加入PEG 8000，也只能很有限地提率。
粘頭連接也可以大致分為兩類，一類粘頭連接是用某種方法，在載體和PCR 產物上產生長的可互補的粘性末端。zui普遍的方法是在引物的5’端加入一段某種限制酶的識別序列。如果兩個引物選用不同的限制性內切酶識別序列，就可以做到定向連接。另一類利用部分PCR 產物3’端帶有一個凸出的dAMP的特性，構建3’端帶有凸出的dTMP的載體。一般采用的方法是先把載體用某種限制性內切酶消化成平頭，在70℃或72℃下在只加入一種dNTP、即dTTP的反應體系中用Taq DNA聚合酶處理半小時（也有人報道處理1～2小時能提高克隆 效率，這樣加T反應會更*）。也可以用末端轉移酶來完成加T反應。載體自連、PCR 產物串連可以忽略。如果使用ddTTP，效果會更好。這種方法一般稱為加T/A法克隆 ，比平頭連接效率高50～100倍。
一、PCR 產物的TA克隆1. TA克隆 構建原理：TA克隆 系統由Invitrogen公司（San Diego，CA）發展而來的商業性試劑盒，它用于PCR 產物的克隆 和測序。其原理是利用Taq酶能夠在PCR 產物的3’末端加上一個非模板依賴的A，而T載體是一種帶有3’T突出端的載體，在連接酶作用下，可以快速地、一步到位地把PCR 產物直接插入到質粒載體的多克隆 位點（MCS）中。
2.操作步驟⑴ 連接反應一般在滅菌的0.5ml離心管中進行。
⑵ 10μl體積反應體系如下：
①取T載體1μl （50ng），加入等摩爾數PCR 產物 。
②加入含ATP的10×Buffer 1μl，T4 DNA連接酶合適單位，用ddH2O 補足至10μl 。
⑶ 稍加離心，通常為14-16℃水浴連接8-14hr，或4℃過。
⑷ 轉染，藍白斑篩選同前。
二、注意事項
1.要獲得目的基因的TA克隆 ，PCR 產物的特異性要好。
2.PCR 產物在TA克隆 前要通過純化。
3.在PCR 產物回收、純化過程中防止外來DNA污染。
